Lin4Neuroの使い方

  1. GUIメニュー
    GUIメニューをもつ画像解析ソフトはすべてメニューからアクセスできます。Windowsユーザでも直感的にいじることができるようにメニューがカスタマイズされています。「スタート」ボタンは画面の左下にあります。スタートボタンをクリックしていただければ、カスタマイズされたメニューが表示されます。メニューの一番上に”Neuroimaging-tools”があると思います。画像解析ソフトのショートカットはすべてこの中に入っています。

  2. CUI(コマンドラインインターフェース)
    スタートボタンのすぐ右側にあるアイコンを押すと、ウィンドウにある全ての画面を最小化することができます。その右側にあるボタンが「端末」を起動させるボタンです。LIPSIAやMINC-toolsなどGUIメニューがないソフトや、直接コマンドをうつことでプログラムを起動したい場合は、端末を使って下さい。

    例をあげましょう。もし、端末からMRIcronをたちあげたいとします。その場合、端末をたちあげて以下のようにタイプしてください。

    $ mricron

    これによってMRIcronを起動することができます。

    ホームディレクトリの中にsamplescriptsというディレクトリ(フォルダ)があります。この中には、私が準備したいくつかのスクリプト(信号不均一補正を行うスクリプトなど)があります。興味があったら御覧ください。

  3. 自習用チュートリアル
    クリス・ローデン教授が親切にMRI解析チュートリアルをLin4Neuroに掲載することを許可してくださいました。チュートリアルは本サイトでもご覧になれます。 こちらを御覧ください。チュートリアルのショートカットはデスクトップにあります。(ただし、英語です。)

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9 thoughts on “Lin4Neuroの使い方

  1. kiyotaka様

    ご連絡ありがとうございます。とても親切に対応していただき本当に感謝しております。
    返信が遅くなり大変申し訳ありません。

    クラッシュですが、VMwareの仮想マシンが立ち上がらなくなり、再度別の仮想マシンを作り、ネットワーク接続を無視してインストールしたところ、成功しました。
    クラッシュした仮想マシンが立ち上がらなくなり、どうやって問題を探したらよいのかわかりません。

    どのように問題を探したらよいのかアドバイスをいただけたら幸いです。

    どうぞ宜しくお願いいたします。

    • おそらく、仮想マシン自体がなにか不具合が起こっていたのだと思います。
      だとすると、原因追求はかなり困難です。
      正直、仮想マシンがクラッシュしたらそれを回復させるのは容易ではありません。
      あきらめて、その仮想マシンを削除するのが一番いいかと思います。

      新しい仮想マシンで大丈夫だったとのことで、それでよいのではないでしょうか。
      私はものぐさなので、私だったら、クラッシュした仮想マシンを一度削除してしまいます。
      新規仮想マシンは大丈夫なわけで、それで解析をしていただくのがてっとりばやいのではないかと思います。

      何の役にたたずにすみませんが、よろしくお願いします。

      • kiyotaka様

        お忙しい中、相談に乗っていただき本当に感謝しております。

        私の方こそ、申し訳ありませんでした。

        今後とも宜しくお願いいたします。

  2. 去年のチュートリアルに参加させていただきました。
    現在、教えていただいた方法でTBSSを実践しようと行っている状態です。
    仮想ソフトまでは上手く言ったのですが、その後のLin4Neuro上でのisoファイルのインストールができません。
    またインターネット接続もできない状況です。
    使用しているOSはWindows7 64、メモリ16Gです。環境は大学病院内で、ウィルスソフトはAvastです。
    ご教授いただけないでしょうか?

    • Naruseさん

      ご質問ありがとうございます。
      ホストOSの環境(Win7, 64bit, メモリ16GB)は問題ないですね。

      よろしかったら、下記の事柄について教えていただけますか?

      ・仮想ソフトはVMware playerでしょうか、それともVirtualboxでしょうか?
      ・Lin4Neuroのダウンロードは無事にできましたでしょうか?

      「仮想ソフトまではうまくいったが、Lin4Neuro上でのインストールができない」というのがちょっとわかりづらくて、どこではまっているのかわからないので、以下のステップでどの手順でつまっているか教えていただけませんか?

      1. 仮想ソフトのインストール
      2. 新規仮想マシンの作成
      3.     

      4. この際にHDDを最低30GBは準備
      5.     

      6. CD/DVDにLin4Neuroのisoイメージを指定
      7. 仮想マシンの起動
      8.     

      9. Lin4Neuroが起動した後、デスクトップにある”Lin4Neuroのインストール”をダブルクリックし、インストール

      どこでうまくいっていないか、教えていただけたらと思います。

      よろしくお願いします。

      • kiyotaka 様

        ご返答ありがとうございます。

        仮想ソフトはVMware playerであります。
        Lin4Neuroのダウンロードはできました。

        Lin4Neuroが起動した後、デスクトップにある”Lin4Neuroのインストール”をダブルクリックし、インストール

        ができません。

        宜しくお願いいたします。

        • Lin4Neuro自体は起動するのですね。

          Lin4Neuroのインストールをダブルクリックすると、どのようなエラーメッセージが出ますか?

          また、もしよろしかったら、L4Nは最新版をつい昨日に公開しましたので、
          そちらをダウンロードしていただいて、インストールをトライしていただけたらと思います。

          その結果を教えていただけますか。

          どうぞよろしくお願いします。

          • Kiyotaka 様

            最新版をダウンロードしてインストールをトライしてみましたが、できませんでした。

            まず
            PCの状態として、「インターネットに接続している」が接続していない状態になっていたことです。

            次に、クラッシュが発生しました とのエラーメッセージがでてきます。

            ゲストOSへのネットワーク接続は「ブリッジ」です。
            その他に、方法をNATなど試しましたが結果は同じでした。

            宜しくお願いいたします。

          • 状況を報告してくださってありがとうございます。

            私の環境で、VMware Playerにインストールしてみて問題なく動作しました。
            他の方もうまく動いているので、これはNaruseさんの環境の要因がありそうですね。
            原因を見つけていきましょう。

            ・インターネットの接続ですが、これ自体は、接続してもしなくても問題ないです。
            なので、これ自体は問題を引き起こしているとは考えづらいです。

            これを無視してそのままインストールを続行できませんか?

            また、クラッシュですが、「問題を報告」のようなダイアログから「詳細」とすると、
            どのコマンドがクラッシュしたかがわかります。
            それでどれがクラッシュしたか教えていただけませんか?

            将来、他の人の役にたつ可能性もあるので、しばらくブログ上でやりとりできたらと思います。
            どうぞよろしくお願いします。

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