VirtualBoxへのLin4neuroのインストール -Mac編-

現在、Lin4NeuroはVirtualBox上で動作する仮想マシンを配布するようになりました。Macで仮想マシンをどう使うか以下に記します。

  1. Macのバージョン確認
  2. MacでVirtualBoxを動作させるには、MacOS10.8(Mountain Lion)以降である必要があります。バージョンが古い方は、まずOSのアップグレードを行ってください。

    注意点としては、MacOS 10.13(High Sierra)からセキュリティがこれまで以上に厳しくなりました。本ガイドでは、OS10.13で検証しています。セキュリティに気をつけるところは説明していますが、OS10.12(Sierra)以前では表示されない画面もありますので、ご了承ください。

  3. VirtualBoxのインストール
  4. VirtualBoxは仮想化ソフトウェアです。チュートリアルでは、解析ソフトがすでに設定済のLin4NeuroをVirtualBox上で動作させます。

    https://www.virtualbox.org/wiki/DownloadsよりVirtualBoxをダウンロードします。

    過去のLin4Neuroでは、Extension Packが必要でしたが、現在は不要になっています。

    VirtualBox本体をダウンロードして下さい(2018年9月16日時点では5.2.18ですが、最新版をダウンロードして下さい)。

     

    “VirtualBox-5.xxx-OSX.dmg”をダブルクリックしてインストーラーを起動します。

     

    “VirtualBox.pkg”をダブルクリックします。

     

    すると、下のようにエラーが表示されますので、一度[OK]ボタンをクリックして下さい。

     

    システム環境から、[セキュリティとプライバシー]をクリックします。

     

    [このまま開く]をクリックします。

     

    すると、「開いてもよろしいですか?」と質問をされますので、「開く」を選択します。

     

    次に、「プログラムの実行をします」と表示されますので、「続ける」を選択して下さい。

     

     

    ここから先は、通常のインストールと同様に進めてください。すべてデフォルトのままで大丈夫です。

     

    アプリケーションからVirtualBoxを起動します。

    下のような画面が表示されれば、正しくインストールされています。

     

  5. Lin4Neuroのダウンロード
  6. Lin4NeuroはUbuntu18.04版はhttp://www.lin4neuro.net/lin4neuro/18.04bionic/vm/からダウンロードできます。

  7. Lin4Neuroのインポート
    1. 仮想マシンのインポート
    2. L4N-1804-Ja-VM-xxxxxxxx.ovaをVirtualBoxにインポートします。VirtualBoxのメニューから[ファイル]⇒[仮想アプライアンスのインポート]を選択して下さい。

       

      先ほど入手した“L4N-1804-Ja-VM-xxxxxxxx.ova”を選択し、[続き]をクリックします。

       

      続いて、[インポート]をクリックします。

       

      ここまでくれば、Lin4Neuroのセットアップは完了です。あとは、共有フォルダの設定とチュートリアルのデータを準備します。

       

    3. 共有フォルダの作成
    4. 仮想マシンと共有するフォルダを作成します。ここでは、ホームフォルダの下に“share”というフォルダを作成します。

      • iCloud Driveと同期する設定をされている場合、書類フォルダの下は自動でiCloud Driveに同期されます。画像ファイルは大きいので、iCloudの無料容量をすぐに使い切ってしまうため、iCloud Driveの同期の範囲外に共有フォルダを設定することにしました。
      • 参考までに、iCloud Drive同期の確認方法を載せておきます(情報提供:八幡憲明先生)

       

      Finderの表示設定については、Finderのサイドバーに自分のユーザ名が表示されているかを確認して下さい。

       

      表示されていない場合は、Finderの[環境設定]の[サイドバー]タブにおいて、自分のユーザ名にチェックを入れてください。

       

      ユーザ名のすぐ下に“Share”というフォルダを作成します。

       

    5. 共有フォルダの設定
    6. 仮想マシンから、先ほど設定した共有フォルダを見ることができるように設定します。VirtualBoxマネージャーの[設定]から設定を行います。

      [L4N-1804-Ja-VM]を選んでから[設定]をクリックして下さい。

       

      [共有フォルダー]を選択してから、右側にある+アイコンをクリックします。[フォルダーのパス]には、先ほど作ったshareフォルダを指定して下さい。フォルダー名は自動で決まります。確認できましたら[OK]をクリックします。

       

      共有フォルダが下図のように設定されたことを確認して、[OK]をクリックします。

       

      これで設定は完了です。[起動]からLin4Neuroを起動させて下さい。

       

  8. Lin4Neuroの起動と確認
    1. Lin4Neuroの起動
    2. Lin4Neuroを起動させると、パスワードを要求されます。パスワードは[lin4neuro]です。

       

      起動をさせると、デスクトップ上には複数のアイコンが表示されています。各アイコンの内容は以下の通りです。

      • sf-share:Windowsのshareフォルダです。
      • installer:有用な画像解析スクリプトのインストーラーが保存されています。

       

      Lin4Neuroを起動させる際、まれにログイン画面が乱れてしまうことがあります。

       

      このような時は、焦らずに[左コマンド⌘+fn+F7]を押して下さい。

      下図のような黒い画面になったのち、再度、[左コマンド⌘+fn+F7]を押して頂くと画面が直ります。

       

      左下のメニューから、[脳画像解析]を選択することにより、事前に設定が済んでいるソフトウェアを起動させることができます。

       

      VirtualBoxの画面を最大化したうえで、Lin4Neuroを再起動すると、Lin4Neuroの画面が最大化されます。何度か再起動が必要なこともありますが、CONNは画面が大きい方がいいので、Lin4Neuroの画面が最大化できることをご確認ください。

       

  9. Lin4Neuroのアップデート
  10. Lin4Neuroは、脳画像解析ソフトのインストーラーなどが定期的にアップデートされます。GitHub経由で、簡単にアップデートすることができます。

    これはターミナルを使うので、ターミナルを少しいじってみましょう。Lin4Neuroは、ホームディレクトリの下の[git/lin4neuro-bionic]に入っています。ホームディレクトリからは、[cd git/lin4neuro-bionic]で移動できます(ホームディレクトリ以外の場所からは、[cd ~/git/lin4neuro-bionicとなります)。

    ターミナルは下図に示してある位置から起動します。DTIチュートリアルでは、ターミナルを多用します。

     

    cd git/lin4neuro-bionic

    git pull

    とタイプするだけで、Lin4Neuroのアップデートができます(FreeSurfer6.0.1のインストーラーが追加されました)。

     

  11. その他
    1. 日本語キーボード以外の場合
    2. Lin4Neuroのキーボード配置は日本語です。英語キーボードをお使いの方は、設定を変えることで英語キーボードの配置にできます。

      画面右下のキーボードアイコンをクリックし、[設定]を押します。英語(US)を上に持ってくればキーボード配置になります。

       

    3. 仮想マシンの削除方法
    4. 不要になった仮想マシンは、簡単に削除できます。VirtualBoxマネージャーで仮想マシンを選択し、右クリックで除去を選択し、[すべてのファイルを削除]をクリックして下さい。

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