pipを用いたUbuntuへのANTsのインストール方法(ソースコードからのコンパイル)

しばらく前に、ANTsのUbuntu 14.04へのインストール方法(ソースからのコンパイル)という記事を書きましたが、最近のANTsは、cmakeのバージョンが3.10以上でないとコンパイルできなくなっていました。

方法を探してみましたが、cmakeのコンパイルを説明するページが圧倒的でした。
しかし、さらに探していたところ、pipを使えばすんなりいくことがわかりました。

pipは、pythonのパッケージ管理システムで、この中にcmakeも入っています。

ということで、改めて記事を書いていきます。

  • 事前に必要なソフトウェア
  • 以下の3つが必要です。

    • git
    • C++コンパイラー
    • CMake

    gitとc++コンパイラは、以下で簡単にインストールできます。

    $ sudo apt-get install git g++
    

    cmakeは以下でインストールできます。Ubuntuでインストールできるpipはバージョンが古いので、
    最初にpipのバージョンをアップグレードしてから、cmakeをインストールします。

    $ sudo apt-get install python-pip
    $ pip install --upgrade pip
    $ pip install cmake
    

    cmakeのバージョンを確認します。

    cmake --version
    

    私の場合は以下のようになりました。

    $ cmake --version
    cmake version 3.12.0
    
    CMake suite maintained and supported by Kitware (kitware.com/cmake).
    

    3.12.0であるということがわかります。

  • ANTsのソースコードの入手
  • ターミナルを立ち上げ、gitでソースコードを入手します。
    私は最近、ホームディレクトリの下にgitというディレクトリを作成し、その下に様々なリポジトリを管理しているので、
    そのようにします。
    ANTsというフォルダにソースコードが入りますので、もし、同名のフォルダがあったら、他のところに移動するか、名前を変更しておいてください。

    cd ~/git
    git clone git://github.com/stnava/ANTs.git
    
  • コンパイルのためのフォルダの準備
  • 次に、コンパイルのためのフォルダ antsbin を準備し、そこで作業をします。

    mkdir antsbin
    cd antsbin
    
  • コンパイル
  • 早速コンパイルに入ります。

    ターミナルから次のコマンドをタイプします。ここで注意すべきは、ccmakeでなく、cmakeというコマンドを使うことです。
    ccmakeはターミナル上でのGUIですが、cmakeはコマンドラインです。

    cmake ../ANTs
    

    今、antsbinというディレクトリにいます。../ANTsは、~/git/ANTsを意味します。

    そうすると、以下のようなメッセージが出てきます。(最後だけ切り抜きます)

    -- Found Git: /usr/bin/git (found version "2.7.4") 
    -- SuperBuild - ANTS => Requires ITKv5, 
    -- SuperBuild -   ITKv5[OK]
    -- Found ZLIB: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libz.so (found version "1.2.8") 
    -- SuperBuild - ANTS[OK]
    -- Configuring done
    -- Generating done
    -- Build files have been written to: /home/kiyotaka/git/antsbin
    

    これで、コンパイルの準備は完了です。

    そうしたら、以下のコマンドを打ちます。

    make -j 4
    

    そうすると、以下のような画面になります。ITKをダウンロードなどします。私の場合、ここだけでだいたい20-30分くらいかかりました。ネットワークの遅い早いもあるかもしれませんが、じっと待ちます。

    忍耐の結果、”Completed: ANTs”と出れば、無事にコンパイル完了です。

  • スクリプトをコピーする
  • 最後にもうひとつ。http://ehc.ac/p/advants/discussion/840261/thread/18f0a686/の一番最後に記載がありますが、~/ANTs/Scriptsに、有用なスクリプトがたくさん入っています。これを、binにコピーしたらと推奨されています。

    cd ~/git/antsbin/bin
    cp ~/git/ANTs/Scripts/* .
    
  • パスの設定
  • 今度は、ANTsのパス設定を行います。.bashrcに記載します。

    nano ~/.bashrc
     
    

    すると、.bashrcが立ち上がりますので、そこの一番下に以下の内容を記載します。
    今、ANTsの実行ファイルは、~/git/antsbin/binにあります。

    #ANTs
    export ANTSPATH=~/git/antsbin/bin
    export PATH=$PATH:$ANTSPATH
    

    これを保存し、終了し、ターミナルを一度閉じて再度開きます。

    ANTsのパスが通っているかどうかを確認するには、以下をタイプします。

    ANTS --help
    

    これで、ANTSのヘルプ画面が出れば、無事にインストールできたことになります。

  • ANTsのアップデート
  • 今後、ANTsがアップデートされた場合、以下のようにすればよいとのことです。

    cd ~/git/ANTs
    git pull origin master
    

    これで、ANTsの中身が最新になりますので、再度コンパイルという形になるかと思います。

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2 thoughts on “pipを用いたUbuntuへのANTsのインストール方法(ソースコードからのコンパイル)

  1. 根本先生

    いつもサイトを参考にさせていただいております。Western Ontario大学の堀祐樹と申します。現在Virtual box上のUbuntu16.04(host側はWindows10)でfMRIの解析を行っておりANTsをインストールしたく本ページを参考にさせていただきました。

    cmakeまでは無事に終わったのですがどうしても “make -j 4” の途中下記のところで固まってしまい先に進みません。

    [ 14%] Built target ANTSFetchData
    [ 14%] Building CXX object Examples/CMakeFiles/antsUtilities.dir/sntsRegistration3DFloat.cxx.o

    Virtual Box上のUbuntuには、この操作ではインストールできないのでしょうか?それともスペックの問題なのでしょうか?

    すみません。もしなにかご存知でしたらアドバイス頂けますと幸いです。

    堀祐樹 拝

    • 堀先生

      VirtualBox上のUbuntuで操作できないということはないと思います。スペックの影響かもしれませんね。それはなんとも言えませんが。

      実は、私の方で、コンパイルしたものを準備しています。

      http://lin4neuro.net/lin4neuro/neuroimaging_software_packages/ANTs.zip

      VirtualBox上のUbuntuからこちらをダウンロードしてください。
      これはコンパイルが済んでいるものなので、Ubuntuですぐに使えるかと思います。

      ご参考まで。

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