CONNチュートリアル 05: Setup – Structural

SetupでBasic infoを入力した後は、Structuralをクリックします。

そうすると、下図のようになっているかと思います。

conn009

重要なのは、真ん中のエリアと右側のエリアです。

まず、真ん中のエリアで、
Subject 1 〜 Subject 20までをすべて選びます。

conn010

ここで全部選んでおくと、これから先でファイルを選択した際にデータが一度に各Subjectに割り当てられます。(楽するためのコツです)

次に、右側のエリアにマウスをもっていきます。そうすると何もなかったところに表示が出てきます。CONNはこのような隠しメニューがいろいろあります。作者の方のセンスなのだと思います。メニューがびっしりのAFNIと対照的ですね。

conn011

そうしたら、ファイルを選択しますが、2つ方法を示します。

  1. ディレクトリを丁寧に追っていく方法
  2. ここにはひとつひとつ示しませんが、画面の上にあるディレクトリ(オレンジ色で示されています)をダブルクリックしながらデータのあるディレクトリまで進んでいく方法です。

  3. フィルタを上手に使う方法
  4. こちらはよりスマートな方法です。
    今、構造画像はファイル名がVから始まる画像です。
    そして最後が.niiで終わりますので、
    正規表現を用いて表すならば、

    V.*.nii

    と表すことができます。
    ひとつ気をつけなければ行けないのは、ここはワイルドカードではなく、正規表現ということです。

    正規表現において、*は、「前の0回以上の繰り返し」という意味があります。

    なので、

    V*.nii

    としてしまうと、Vは全く意味がなくなり、

    「終わりがniiで終わるもの」

    という意味になってしまいます。

    一方、正規表現では、.は「任意の一文字」という意味になりますので、

    V.*.nii

    だと、

    「最初がVでその後が何でもよくて最後がniiで終わるもの」

    という意味になります。

    これを画面下に入力し、そして、そのちょっと上にある “Find” をクリックします。

    conn012

    そうすると、確かに、Vではじまるファイルがならび、その下に “20 files found” と出てきます。これが確かにほしいものです。

    conn013

    ここで、Vから始まるファイルをすべて選択したうえで、”Select”をクリックします。

    conn014

    そうすると、

    20 files assigned to 20 subjects

    と出ますので、そのままOKをクリックします。

    conn015

そうしたら、画面の真ん中に戻って、Subjectを適当にクリックしてみてください。画面にそれぞれ割り当てられた画像が表示されます。

conn016

これで、構造画像の指定は終わりました。

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