FreeSurfer前処理結果のQuality Check

FreeSurferのrecon-allで前処理を行った後、Quality Checkを行うことはとても大事です。

広島大の北村先生と一緒に、やり方を確認しました。北村先生がまとめてくださいましたので、その方法を以下に記します。

原典はFreeSurferのホームページを参考にしています。
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/OutputData_freeview

  1. スクリプトの準備
  2. 以下のリンクにある2つスクリプトをダウンロードします。bashスクリプトですので、これをパスが通っているディレクトリに置きます。Linuxユーザーでしたら、ホームディレクトリの下のbinディレクトリがいいでしょう。
    Macユーザーもホームディレクトリの下のbinディレクトリがいいと思いますが、.bash_profileにパスの設定をする必要があります。

    view_surface_freeview.sh (右クリックで名前をつけて保存)
    view_volumes_freeview.sh (右クリックで名前をつけて保存)

    この2つのスクリプトの中身は以下のようになっています。

    #!/bin/bash
    
    #Script to view surfaces in 3D using Freeview
    #Adopted from the following page
    #https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/OutputData_freeview
    
    freeview -f  $SUBJECTS_DIR/$1/surf/lh.pial:annot=aparc.annot:name=pial_aparc:visible=0 \
    $SUBJECTS_DIR/$1/surf/lh.inflated:overlay=lh.thickness:overlay_threshold=0.1,3::name=inflated_thickness:visible=0 \
    $SUBJECTS_DIR/$1/surf/lh.inflated:visible=0 \
    $SUBJECTS_DIR/$1/surf/lh.white:visible=0 \
    $SUBJECTS_DIR/$1/surf/lh.pial \
    --viewport 3d
    
    #!/bin/bash
    
    #Script to view volumes with Freevies
    #Adopted from the following page.
    #https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/OutputData_freeview
    
    freeview -v \
    $SUBJECTS_DIR/$1/mri/T1.mgz \
    $SUBJECTS_DIR/$1/mri/wm.mgz \
    $SUBJECTS_DIR/$1/mri/brainmask.mgz \
    $SUBJECTS_DIR/$1/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \
    -f $SUBJECTS_DIR/$1/surf/lh.white:edgecolor=blue \
    $SUBJECTS_DIR/$1/surf/lh.pial:edgecolor=red \
    $SUBJECTS_DIR/$1/surf/rh.white:edgecolor=blue \
    $SUBJECTS_DIR/$1/surf/rh.pial:edgecolor=red
    
  3. スクリプトに実行権限をつける
  4. ダウンロードした2つのファイルに実行権限をつけます。今は、ホームディレクトリのbinにダウンロードしたと仮定します。

    $ cd ~/bin
    $ chmod 755 view_surface_freeview.sh view_volumes_freeview.sh 
    
  5. Segmentationのチェック
  6. 最初にSegmentationのチェックを行います。

    1. Freeviewの起動
    2. ターミナルで以下のようにタイプします。

      view_volume_freeview.sh 被験者ID
      

      そうすると、freeviewが起動します。

    3. 白質とくも膜の境界となるラインがきちんとひけているか確認
    4. 左上にあるVolumeという小窓の中にある「brainmask」をダブルクリックすると「brainmask」という項目が一番上に来ます。

      画面には下記の状態が出てきます。

      • 赤線:くも膜の表面にあり、脳脊髄液と灰白質を境する線
      • 青線:白質の表面に沿って引かれており、灰白質と白質を境する線

      ここで、線がきちんと白質や灰白質に沿ってひかれているかどうかを確認します。

    5. 灰白質のsegmentationができているかを確認
    6. 先ほどと同様に、今度は「aseg」という項目をダブルクリックします。ここで、灰白質がきちんと分割できているかを確認する。

    7. skull stripの確認
    8. 再度、「brainmask」をダブルクリックします。
      次に、「Surface」の中のチェックボックスをすべて外します。
      そうすると、skull strip画像が見えますので、skull stripがちゃんとできているかを確認します。

    9. 画像の信号強度にむらがないかを確認
    10. 今度は、「wm」をダブルクリックします。
      脳の画像のみになるので、灰白質や白質に信号むらがないかを確認します。

    11. 白質のsegmentationを確認
    12. 先ほどと同様に、「wm」をダブルクリックします。
      左の真ん中にある「Color map」という項目の中から「heat」を選択します。
      そこで、白質のsegmentationを確認する。

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