MRIcronのMacOSXへのインストール方法

MRIcron自体のインストールは難しくないのですが、ターミナルからdcm2niiを使用するためには少し工夫が必要ですので、それを記載します。

  1. MRIcronのダウンロードとインストール
  2. MRIcron のダウンロードページ http://www.nitrc.org/projects/mricron から、OSX 用の MRIcron をダウンロードします。

    mricron_dl

    そうすると、自動で”osx” なるフォルダができるはずです。(もしできなかったら、osx.zipをダブルクリックしてください。)これだとわかりにくいので、フォルダ名を “mricron” に変更しましょう。そして、”アプリケーション” フォルダにドラッグします。こうすることで、アプリケーションに登録されます。

    mricron_app

  3. MRIcronのパス設定
  4. 比較的苦労せずにできたのではないかと思います。もう一つだけしておきましょう。それは、 mricron のパスを通す作業です。これをしておくと、 dcm2nii が端末から起動することができるようになります。

    Macintosh HD→アプリケーション→ユーティリティからターミナルを起動します。

    そして、ターミナルから次のようにタイプします。

    open -a textedit .bash_profile
      
    

    そうすると、テキストエディットが起動します。そこに、以下の様な記載をします。

    #dcm2nii
    D2NDIR=/Applications/mricron
    export PATH=$PATH:$D2NDIR
    

    これがなんだか簡単に説明しましょう。まず、 .bash_profile というのは、簡単に言うと、ターミナルを開くときに読み込まれる設定ファイルです。今、行った記載は、 dcm2nii のパスです。これを行うことで、ターミナルに、 dcm2nii のプログラムの保存場所を教えてあげるのです。そのうえで、記載した内容ですが、

    • #dcm2nii
    • これは、単なるコメントです。 # の後は基本的にコメント行で何の意味も持ちません。dcm2niiの設定が書いてあるということを後で思い出すためのものです。

    • D2NDIR=/Applications/mricron
    • これは、 D2NDIR という変数を準備しています。そして、この変数に dcm2nii があるディレクトリを指定しています。

    • export PATH=$PATH:$D2NDIR
    • ここは2段階の作業を1度に記載しています。まず、パ ス 変 数 $PATH にdcm2niiのパスを追加しています。そして、exportすることで、パスを更新しています。これにより、端末を起動した際に、 dcm2niiのパスが追加され、ターミナルから dcm2nii が起動できるようになります。

    ここまでできたら、ファイルを保存してテキストエディットを終了します。その後、ターミナルから exitとし、一度ターミナルを終了します。そしてもう一度ターミナルを起動します。この際に、先ほど保存した .bash_profile が読み込まれ、 dcm2nii のパス設定が行われます。そこで、ターミナルから

    dcm2nii
    

    と入力してみてください。下図のような画面となれば、無事に dcm2nii にパスが通ったことになります。

    dcm2nii

2 thoughts on “MRIcronのMacOSXへのインストール方法

  1. MRIcronをOSXで使用したく,
    記事を参照させて頂いております.

    “open -a textedit .bash_profile”
    上記をターミナルに入力したのですが,

    The file /Users/Noriyuki/.bash_profile does not exist.
    と出力され,テキストが開かないのです.

    対処法をご教示いただけると幸いです.
    何卒よろしくお願い致します.

    • 返信が遅くなりすみません。

      その場合でしたら、

      最初に

      touch .bash_profile
      

      とされてはいかがでしょうか?

      touch コマンドはファイルがない場合、空のファイルを作成します。
      そのうえで、open -a textedit をしていただけたら、空のファイルが立ち上がりますので、そこで作業していただけたらと思います。

      やってみてうまくいったかどうか教えていただけたらと思います。
      よろしくお願いします。

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