FSLViewで画像が正しい向きで表示されない時

FSLViewで画像を表示すると、思ったような向きで表示されないときがあります。
下に例を示します。

fslview01

ここでは、上にある水平断、冠状断が角度が変になってしまっています。

しかし、よくみると、FSLViewは画像の前後をきちんと認識しています。
画像のまわりにあるアルファベットはそれぞれ

A: anterior
P: posterior
L: left
R: right
I: inferior
S: superior

を意味しますが、正しくなっています。

それでは、「正しく」表示するにはどうしたらよいでしょうか。
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SPMで画像の中心を原点に設定するスクリプト

岩手医大の山下典生先生スクリプト第2弾です。
NIfTI画像を扱っていると、ときどき画像の原点(Origin)が変なところに設定されているケースに遭遇することがあります。このスクリプトは、SPMで、NIfTI画像の原点を、画像の中心に設定するスクリプトです。多くの画像の原点が変なところになっているような時に役立つと思います。
使い方は簡単です。

  1. setorigin_center.mをダウンロード(右クリックで名前をつけてリンク先を保存)し、SPMのフォルダに入れます。
  2. Matlabのコマンドウィンドウから、以下のようにタイプします。
  3. >>setorigin_center

  4. 画像選択のウィンドウが開きますので、原点を画像の中心にセットしたい画像を選択してください。

これだけです。
実際に手元にあったデータでやってみました。
左側が設定前です。原点がかなり後ろに設定されています。
右側がスクリプトを走らせた後です。この場合は、幸運にも画像の中心がちょうどACと合致しています。ここから微調整でAC-PCを設定した方がずっと楽ですよね。

setorigin_screenshot

How to enable users to automount CD-ROM or USB in XFCE

I’m trying to install XFCE with ubuntu minimal iso (mini.iso).

With default settings, users are not able to mount CD-ROM or USB.

In order to change this, edit the following;

/usr/share/polkit-1/actions/org.freedesktop.udisks.policy

In the section “Mount a device”, change “allowed_any” and “allow_inactive” to “yes”.

<xmp>
  <action id="org.freedesktop.udisks.filesystem-mount">
    <description>Mount a device</description>
    <defaults>
      <allow_any><strong>yes</allow_any>
      <allow_inactive>yes</allow_inactive>
      <allow_active>yes</allow_active>
    </defaults>
  </action>
</xmp>

XubuntuでPlayOnLinux経由でMS Office 2010をインストールし、日本語入力を問題なくする方法

Ubuntuにしてたいていは満足なのですが、職場で利用となると足かせになるのがOfficeの問題です。LibreOfficeでたいていは間に合うのですが、Wordの校閲機能やPowerpointのレイアウトの問題などはいかんともしがたい問題です。これは少しずつストレスになっていきます。

Wine経由でMS Office 2010をインストールできると聞いていましたが、試してみてもエラーが多い状態でした。

その後、調べていたら、PlayOnLinuxを使うとあっさりいけるよという書き込みを複数見ました。やってみたらすんなりできました。

しかし、日本語を入力すると、入力しているのに消えてしまうという問題がありました。これもいろいろ調べて、対処をしてみたのですが、うまく動かず…。
でも、よく考えてみたら、PlayOnLinux経由なのだから、設定ファイルが別なのではないか?と思ったところ、それがあたりでした。

以下に方法をまとめます。

  1. ベースのOS
  2. Xubuntu 12.04です。

  3. MS Officeのバージョン
  4. Office 2010の32bitを準備します。Office 2013は動作しません。また、Office 2010の64bit版も動作しません。

  5. Wineのインストール
  6. PlayOnLinuxはWineのフロントエンドなのでWineが必要です。オフィシャルのWineはバージョンが若干古いので、私は下記でWine-teamのPPAからWineをインストールしました。これでwine 1.6がインストールされます。これを書いている時点での最新版は1.7ですが、1.6で一連の流れに問題はありませんでした。

    sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-wine/ppa
    sudo apt-get update
    sudo apt-get install wine
    
  7. PlayOnLinuxのインストール
  8. PlayOnLinux(POL)もUbuntuのデフォルト(4.0.14)では、Office 2010のインストールに対応していません。なので、POLのサイトから、最新版(4.2.2)をダウンロードします。
    詳細はhttp://www.playonlinux.com/en/download.htmlに記載してありますが、とりあえず、12.04の場合は下記のとおりです。

    wget -q "http://deb.playonlinux.com/public.gpg" -O- | sudo apt-key add -
    sudo wget http://deb.playonlinux.com/playonlinux_precise.list -O /etc/apt/sources.list.d/playonlinux.list
    sudo apt-get update
    sudo apt-get install playonlinux
    
  9. PlayOnLinuxの起動
  10. メニューのゲーム→PlayOnLinuxでPlayOnLinuxが起動します。
    そこで、「インストール」をクリックします。

    そうすると、下図のようになりますので、SearchからOffice 2010と入れると候補が出てきますので、選択し、右下の「インストール」をクリックします。

    POL_install01

    その後は私は既にインストールしてしまったので、スクリーンショットは示せませんが、指示された通りに従っていけば、必要なファイルなどを全部ダウンロードしてくれます。なお、インストールする場所は変更するとうまくいかないということですので、とりあえずデフォルトのまま入れてしまうのが無難なようです。

    ひと通り終わると、以下のようになります。

    POL_install02

    これでインストールは完了です。これまでの苦労は何だったんだろうと思うぐらい簡単でした。

  11. 日本語入力の設定
  12. しかし、このままだと、日本語入力の問題があります。様々なサイトが、

    ~/.wine/user.regに

    [Software\\Wine\\X11 Driver]
    “Inputstyle”=”offthespot”

    のように記載しなさい

    と書いてあります。しかし、POLを使用した場合は、それではうまくいきません。

    Officeの日本語設定は、ホームディレクトリの下の以下の場所にあります。

    ~/.PlayOnLinux/wineprefix/Office2010/user.reg

    したがって、適当なエディタでこのファイルを開けます。今はLeafpadにしましょう。(なんでもいいですが)

    leafpad ~/.PlayOnLinux/wineprefix/Office2010/user.reg
    

    そして、このファイルの一番下に以下の記述を追加します。

    [Software\\Wine\\X11 Driver]
    "InputStyle"="root"
    

    (環境によってはバックスラッシュは¥に見えると思います)

    その後、その後、POLを再起動すると、ファイルの設定を読み込み直します。

    これで日本語をうつと、インライン変換まではいかないのですが、日本語変換が画面の左下の方にあらわれ、確定した文字がきちんと表示されます。

これでさらによい環境ができあがりました。

SPM8でSPECT/PET画像を一括で解剖学的標準化するスクリプト

SPMでSPECT画像やPET画像を標準化するとき、Normalise (Est & Write)から行います。しかし、この時、Source ImageとImages to Writeにいちいち画像ファイルを指定せねばならず、苦痛を伴います。

私の友人の岩手医大の山下典生先生が、この問題を解決するスクリプトを書いて下さいました。

使い方はいたって簡単です。

  1. fy_normalise.mをダウンロード(右クリックで名前をつけてリンク先を保存)し、SPMのフォルダの中に保存します。
  2. Matlabから以下のようにタイプします。
  3. fy_normalise
    
  4. すると画像を選択するダイアログが出現しますので、標準化したいファイルを選択します。
  5. 次に、ディレクトリを聞かれますので、設定ファイルを保存したいディレクトリを指定します。
  6. そうすると、保存先にspm_normalise_20140117_1621112.matのようなファイルが保存されます。
  7. 次に、SPMのBatchを起動し、ファイルを開くから先ほど保存したmatファイルをしてします。
  8. そうすると、Subjectが指定された状態になります。
  9. パラメータを確認し、大丈夫であることを確認したら、実行すれば解剖学的標準化がはじまります。

非常に便利なので、関心のある方はどうぞお使いください。なお、fy_normalise(”,1)とすると、一度に標準化を走らせることもできますが、設定ミスで後悔しないように、設定を確認してから走らせることをお勧めします。

山下先生、ありがとうございました!

Make battery-life of Ubuntu 12.04 longer on ThinkPad T430s

It’s been months since I swithed completely to Xubuntu 12.04 from MS Windows on my ThinkPad T430s. Basically I’m satisfied with Xubuntu 12.04, but there are some points which need tweaks. They are…

  • Battery Life
  • Somehow battery on ThinkPad T430s lasts only around 2hours on Xubuntu, which is much shorter than Windows.

  • Projector
  • XFCE is not so good at dealing with projectors or external monitors. I’m still struggling with this matter, so I don’t make any comments now.

As of battery life, I found a very good tool, which is TLP.

By installing TLP, the battery life gets longer by one hour without any modification, which is great.

You can find how to install TLP here.

Update of Lin4Neuro (28 Dec 2013)

Lin4Neuro was updated. Some changes are…

  • Kernel was updated to 3.5.0-44-generic.
  • FSL was updated to 5.0.6.
  • Ginkgo CADx was updated to 3.6.0.
  • MINC toolkit was updated to 1.0.01
  • MITK was updated to 2013.12.00.
  • Slicer was updated to 4.3.1.
  • LibreOffice was updated to 4.1.4.2

You can download the latest Lin4Neuro from here.

Now I’m focusing on the 64bit version of Lin4Neuro, so I suspend updating 32bit version. One of the task is to make the UEFI-compatible L4N. I hope it will be possible to boot from UEFI on the next update.