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この記事は、http://www.nemotos.net/?p=17で紹介したものを日本語に訳しただけのものです。

2008年10月18日に、Carlton Chu氏がSPMのメーリングリストに便利なスクリプトを投稿しました。
メーリングリストでは特に反応はなかったのですが、非常に有用だと思いますので、本ブログで紹介させていただきます。

このスクリプトの目的はいたってシンプルです：AC-PCを自動的にあわせてくれます！

若干時間がかかります（1例に数分かかります）が、何百例もAC-PCをあわせなくてはいけないような状況では、大きな時間の節約になります。
もし関心があったら、次のスクリプトを試してみて下さい。SPM5、SPM8でうまく動きます。

オリジナルの投稿では、若干動作しないバグがありました。そこを修正してあります。

使用方法：添付のファイルをダウンロードし、SPM5かSPM8に置いてください。その後、MATLABのコマンドウィンドウから、”auto_reorient”とタイプしてください。ファイル選択のウィンドウが立ち上がりますので、AC-PCを設定したいファイルを選択して下さい（複数選択できます）。

function auto_reorient(p)
spmDir=which('spm');
spmDir=spmDir(1:end-5);
tmpl=[spmDir 'canonical/avg152T1.nii'];
vg=spm_vol(tmpl);
flags.regtype='rigid';
p=spm_select(inf,'image');
for i=1:size(p,1)
f=strtrim(p(i,:));
spm_smooth(f,'temp.nii',[12 12 12]);
vf=spm_vol('temp.nii');
[M,scal] = spm_affreg(vg,vf,flags);
M3=M(1:3,1:3);
[u s v]=svd(M3);
M3=u*v';
M(1:3,1:3)=M3;
N=nifti(f);
N.mat=M*N.mat;
create(N);
end


auto_reorient.m

SPMは定期的にアップデートされています。spm_updateというコマンドをうつと、自分のSPMのバージョンが最新かどうかチェックできます。

>> spm_update
A new version of SPM is available on:
ftp://ftp.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/spm8_updates/
(Your version: 4290 - New version: 4667)

これまで、FTPでアップデートをとってきていましたが、ある方に、spm_update(1)とやると、自動で最新ファイルを入手してくれるよと教わりました。

自分が使っているSPMがちょうどアップデートが必要だったのでやってみました。

>> spm_update(1)
A new version of SPM is available on:
ftp://ftp.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/spm8_updates/
(Your version: 4290 - New version: 4667)
2781 files have been updated.

確かにアップデートされます。便利ですね。