カテゴリ別アーカイブ： Linux

Update of Lin4Neuro (28 Feb 2013)

Lin4Neuro was updated. Some changes are…

  • 3D Slicer was updated to 4.2.2-1 (only in 64bit version).
  • MITK and MITK Diffusion was updated to 2012.12 version (only in 64bit version).
  • nfs-common was added so that it can support NFS filesystem with default settings.

I also stopped developing Lin4Neuro based on Ubuntu 10.04LTS. I focus on developing Lin4Neuro based on Xubuntu 12.04LTS.

You can download latest Lin4Neuro from here.

03/03/2013リンクURL コメントを残す

Xubuntuで用紙サイズがLetterになってしまうとき…

Xubuntuでいろいろ印刷するときに、用紙をA4と設定しても、プリンターの方で、「Letterになっています。強制印刷しますか？」のような警告が出ることがいつもでした。
原因は何だろうと思っていたら、次の変数でした。

/etc/environment
の中にLC_PAPERというものがあります。

これが、私の場合、

LC_PAPER="en_US.UTF-8"

となっていました。調べたところ、この設定だと用紙サイズのデフォルトは、Letterになること。
なので、これを

LC_PAPER="ja_JP.UTF-8"

と変えたところ、問題がなくなりました。
locale設定が用紙サイズにも影響しているんですね。
Xubuntuだけでなく、Ubuntuでも同じようなことが起こるのだと思います。

01/21/2013リンクURL コメントを残す

A study of shell script: Convert various image files formats into EPS format

I’m learning shell scripts these days.
Below is a script which converts various image file formats (jpg, png, etc…) into eps format using ImageMagick.
LaTeX user might find this script useful.

#!/bin/sh
#A script which converts various image file formats into EPS format.
#Usage: image2eps.sh filename
#Wild card can be used.

if [ $# = 0 ]
then
echo "Please specify the files you want to convert!"
echo "Usage: image2eps.sh filename"
exit 1
fi

for image in "$@"
do
if [ -f $image ]
then
convert $image `echo eps2:$image | sed 's/\..*$/.eps/'`
else
echo "$image: No such file"
fi
done

01/19/2013リンクURL コメントを残す

Shell color of Xubuntu

I noticed that Xubuntu overrides color of shell.
I looked for the solution and found the colorcode is in ~/.config/Terminal/terminalrc

[Configuration]
ColorForeground=#000000000000
ColorBackground=#ffffffffffff
ColorCursor=#000000000000
ColorSelection=#e3d6e3d6e3d6
ColorSelectionUseDefault=FALSE
ColorPalette2=#66660a3d0a3d
ColorPalette3=#000066661999
ColorPalette4=#4ecf2e2e6666
ColorPalette5=#171734344d4d
ColorPalette6=#800012d38000
ColorPalette7=#000080008000
ColorPalette8=#35357878b3b3
ColorPalette9=#999999999999
ColorPalette10=#80000ccd0ccd
ColorPalette11=#0000a6662999
ColorPalette12=#9d9d5c5ccccc
ColorPalette13=#262656568080
ColorPalette14=#cccc1e6dcccc
ColorPalette15=#0000aaaaaaaa
ColorPalette16=#52529393cccc
FontName=Droid Sans Mono 10
MiscAlwaysShowTabs=FALSE
MiscBell=FALSE
MiscBordersDefault=TRUE
MiscCursorBlinks=FALSE
MiscCursorShape=TERMINAL_CURSOR_SHAPE_BLOCK
MiscDefaultGeometry=80x24
MiscInheritGeometry=FALSE
MiscMenubarDefault=TRUE
MiscMouseAutohide=FALSE
MiscToolbarsDefault=FALSE
MiscConfirmClose=TRUE
MiscCycleTabs=TRUE
MiscTabCloseButtons=TRUE
MiscTabCloseMiddleClick=TRUE
MiscTabPosition=GTK_POS_TOP
MiscHighlightUrls=TRUE
TabActivityColor=#262656568080

By commenting out the items regarding Color, I got the traditional look of shell.

shell

01/14/2013リンクURL コメントを残す

New Lin4Neuro based on Xubuntu 12.04

I am pleased to announce the new release of Lin4Neuro based on Xubuntu 12.04LTS.
Only 64-bit version is released this time, but I’m working on 32-bit version so hopefully I will be able to release the 32-bit version in the near future.

I chose Xubuntu 12.04 as a base of Lin4Neuro simply because I don’t like Unity. If you look at the screenshot of new Lin4Neuro, you can tell that I made UI as simple as I could.

At the same time, I keep working on Lin4Neuro based on Ubuntu 10.04LTS, because FSLView doesn’t work on Ubuntu 12.04… I know some of users like to use FSLView, so I keep working on it.

Other than FSLView, there are some differences between versions.

  • New Lin4Neuro (L4N12.04) includes DSI studio in response to a request by Renaud Nicolas.
  • L4N12.04 doesn’t includ N3 tools. I haven’t been able to install the software yet.

So Now you have three options. From now on I will name the each version as following (I do not change the file name of old versions);

You can download each version from http://www.nemotos.net/l4n-iso/

Hope Lin4Neuro will help you enjoy playing with your images.

11/19/2012リンクURL コメントを残す

The location of config file of Menu and Panel of Xubuntu

In the process of remastering customized Xubuntu, I spent lots of time to identify the location of config file of Menu and Panel of Xubuntu. Usually files should be located to /etc/skel, but xfce seems to have different policies.

The menu settings is stored in

~/.config/menus/xfce-applications.menu

and the panel settings is stored in

~/.config/xfce4/xfconf/xfce-perchannel-xml/xfce4-panel.xml

And the system-wide settings are stored in the locations below.

/etc/xdg/xdg-xubuntu/menus/xfce-applications.menu (menu)
/etc/xdg/xfce4/xfconf/xfce-perchannel-xml/xfce4-panel.xml (panel)
/etc/xdg/xfce4/panel/* (panel)

So if you want to reflect your personal customization in system-wide setting, you just need to type these two commands from the terminal.

$sudo cp ~/.config/menus/xfce-applications.menu /etc/xdg/xdg-xubuntu/menus/
$sudo cp ~/.config/xfce4/xfconf/xfce-perchannel-xml/xfce4-panel.xml /etc/xdg/xfce4/xfconf/xfce-perchannel-xml/
$sudo cp -r ~/.config/xfce4/panel /etc/xdg/xfce4/

p.s. (27 Oct 2012)
I found that the description above is not enough to reflect systemwide settings.
I needed to do the following. (Some of them might not be needed.)

sudo cp -a .config .gconf .gnome2 .local .bashrc /etc/skel
sudo cp -a ./Desktop /etc/skel/
cd /etc/skel
sudo chown -R root:root .config .gconf .gnome2 .local .bashrc Desktop

10/18/2012リンクURL コメントを残す

Linuxでのファイル・ディレクトリ名一括置換

ときどきファイル名やディレクトリ名を一括で置換したいことがあります。

私の場合、こんなことがありました。

あるデータがこんなディレクトリに入ってきました。

120903
120904
120910
…
120929

しかし、私の管理方法では、

20120903
20120904
20120910
…
20120929

としたいわけです。

端末から簡単に打てるコマンドがないかと探したところ、

その名も’rename’というコマンドがありました。

rename 's/検索文字列/置換文字列/' ファイル・ディレクトリ名（ワイルドカード可）

となるようです。

私の場合

rename 's/^12/2012/' *

で目的を達成することができました。
備忘録として残しておきます。

10/06/2012リンクURL コメントを残す

Lin4Neuro日本語版ページの開設

これまで需要がありましたが、多忙にかまけてさぼっていたLin4Neuroの日本語版のページを作成いたしました。英語が苦手な方やとりあえず、何がどうなってるのと思う方々には多少お役に立てるのではないかと思います。
このブログの上の方にある「Lin4Neuro日本語版」をクリックしていただくか、
こちらからご覧ください。

09/20/2012リンクURL コメントを残す

Update of Lin4Neuro (18Sep2012)

I updated Lin4Neuro. The main changes of this version are the following.

  • FSL was updated to 5.0.0.
  • Slicer was updated to 4.1.1. (only in 64bit version)

Since FSLView doesn’t work well with Ubuntu 12.04, I stick to Ubuntu 10.04 for the time being.
However, I’m in the process of developing Lin4Neuro based on Ubuntu 12.04 (actually Xubuntu 12.04) now. Hopefully I will be able to release 12.04base version by the end of this year.

You can get the iso images from www.nemotos.net/l4n-iso

09/20/2012リンクURL コメントを残す

Lin4NeuroをUSBメモリから起動する方法

普段Windowsを使っているけれども、Linuxを使ってみたい。そんな人はある程度いると思います。特に、画像解析をする人は特にそうかもしれません。
そんなとき、3つのオプションがあります。

  1. WindowsにVMware playerやVirtualboxなどの仮想化ソフトをインストールし、その中にLinuxをインストールする。

    2. これはなかなか便利です。私も普段、これで仕事をしています。Lin4Neuroの開発はVMware上で行なっています。何度も試行錯誤がきくからです。具体的な方法はこちらに記載しましたので、そちらを御覧ください。

  2. USBメモリにインストール

    3. これが今から示す方法です。これが便利なのは、自分のPCでなく、手元に転がっているPCで同じ環境を再現できるということです。もしくは、チュートリアルなどで人に何かを伝えたい場合に、自分で環境を準備しておいて、USBメモリを準備することで他の人が全く同一の環境を再現することができます。

  3. Macに乗り換える

    4. Mac OSXはBSDベースで、Bシェルが普通に走ります。これは結構便利で、最近、Macに乗り換えようかどうか真剣に考えています。でも、一つのことに傾倒しすぎるのはどうかなとも思っているので、MacBookProを持ってはいますが、まだメインマシンとはなっていません…。

LinuxをUSBメモリにインストールする方法は知っておくと何かと役に立つことがあります。Windowsのファイルが壊れてしまい、Windowsが立ち上がらなくなった時、LinuxブートのUSBメモリを持っておけば、それから起動してPCから多くのファイルを救出することができます。なので、Lin4Neuroに限ったことではないのですが、便利なのでその起動方法をPDFドキュメントにまとめてみました。下のリンクからどうぞ。

Lin4Neuro_USB.pdfをダウンロード

07/21/2012リンクURL コメントを残す

VMware player上でのLin4Neuroの使い方

画像解析に特化したカスタマイズOSのLin4Neuro。一定の需要があるようで、便利という声をいただいております。
画像解析のためだけにWindowsからLinuxに乗り換えることを躊躇している人も多いと思います。正直、私も画像解析のメインマシンはLinuxですが、日頃の雑多な仕事はまだWindows上で行なっています。Linuxは基本いいのですが、つまずいたときにすぐにトラブルシューティングできるだけの能力がまだないからです。

64bitでメモリもたくさんのっかる世の中、仮想環境がずいぶん充実してきました。Lin4Neuroも仮想環境でけっこういい感じで動きます。めちゃくちゃメモリを使う仕事でなければ、ノートPCに8GBのメモリを載せ、そのうち4GBを仮想に割り当ててそこでLin4Neuroを走らせれば、けっこういい感じで解析ができます。

ということで、VMware player（無償で入手できます）上でのLin4Neuroの動かし方をPDFドキュメントにしてみました。必要な方はダウンロードしてください。

Lin4Neuro_VMwareのダウンロード

07/21/2012リンクURL 1 コメント

Shell script to replace a part of filenames

I came across a situation I want to change a part of filenames.
I have many nvXXXX.nii files, and I want to change it to n1vXXXX.nii.
Below is the shell script I came up with.
The point is using sed.

#!/bin/bash
# A script to change a part of filenames.
for FILE in $*
do
echo $FILE | sed -e "s/nv/n1v/" # This is optional. I just want to display the filenames on the monitor.
mv $FILE `echo $FILE | sed -e "s/nv/n1v/"`
done

The below might be better if I want to use the new filenames as some variables.

#!/bin/bash
# A script to change a part of filenames.
for FILE in $*
do
echo $FILE | sed -e "s/nv/n1v/"
NEWFILE=`echo $FILE | sed -e "s/nv/n1v/"`
mv $FILE $NEWFILE
done

07/05/2012リンクURL コメントを残す