Lin4Neuroのアップデート (14 Aug 2016)

Lin4Neuroのアップデートを行いました。

主な更新点は以下になります。

  • UEFIに対応するようにいたしました。
  • 画像解析ソフトをすべて最新バージョンにアップデートしました。
  • GitHub上にLin4Neuroを作成するスクリプトを公開しました。
  • https://github.com/kytk/lin4neuro-trusty

    これを用いればLin4Neuroを自分の使いたいようにカスタマイズしていただくことも可能かと思います。

  • 起動時画面のロゴに少し修正を加えました。Lin4NeuroがUbuntuのどのバージョンに基づいているかがひと目でわかります。

現在、Ubuntu 16.04に基づいたLin4Neuroを開発中です。できたら年末までに公開できたらと思っています。

最新版のLin4Neuroは
You can download the latest Lin4Neuro from こちらからどうぞ。

Update of Lin4Neuro (13 Aug 2016)

Lin4Neuro is updated.

Below is the points of update.

  • Now Lin4Neuro ISO is UEFI bootable.
  • All of the neuroimaging software packages are up-to-date.
  • Now I made the building scripts of Lin4Neuro publicly available on GitHub.
  • https://github.com/kytk/lin4neuro-trusty

    You can make your version of Lin4Neuro based on the repository above. I wrote instruction how to use in the repository.

  • I made some changes to the Lin4Neuro logo on splash. You will find L4N you are using is based on Ubuntu 14.04 or other.

Now I’m in the process of developing Lin4Neuro based on Ubuntu 16.04. Hopefully this version will be released by the end of this year.

You can download the latest Lin4Neuro from here.

FSLを用いたシェルスクリプト演習:3次元脳MRIの水平断一覧画像の作成

あるプロジェクトにおいて、「MRI画像の一覧画像を作成してもらいたい」という依頼を受けました。

イメージとしては、下記のようなものです。

LB_example

以前、FSLのシェルスクリプトチュートリアルを翻訳していた際に、演習に
Lightbox Viewerがあったのを思い出して、改めて、それを見ながら、さらに機能を追加したスクリプトを考えてみました。

作成しながら勉強になることがいくつもあったので、細かくわけてみたいと思います。

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Ubuntuのapt-get updateで「ハッシュサムが適合しません」と出た時の対処法

先日、Ubuntuでapt-get updateを行った所、以下のエラーに遭遇しました。

W: http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/trusty-updates/main/source/Sources 
の取得に失敗しました  
ハッシュサムが適合しません

このような場合の解決法がいくつか提示されています。よくみられているもののひとつに、Ubuntuフォーラム内の投稿があります。

これでいいのですが、本質は何か考えてみました。

本質は、

/var/lib/apt/lists

の中にあるファイルとの比較で失敗しているようです。

したがって、消せばいいのは、この中身で、apt-getはその下にあるpartialディレクトリがなかったら自動で作成してくれます。

なので、やればいいのは、たった一つです。

$ sudo rm -r /var/lib/apt/lists/*

これでapt-get updateを行えば問題は解決するはずです。

自分の備忘録として残しておきます。

Ubuntu 16.04 における plymouth

Ubuntu 16.04になってから、Plymouthの挙動が変なので、いろいろ調べたところ、以下のことがわかりました。

これまでは、テーマは、/lib/plymouth/themesの下に保存されていましたが、これからは、/usr/share/plymouth/themesの下に保存されるようになったようです。

したがって、自作のテーマを使いたい場合、以下を行う必要があります。今、テーマはmytheme/mytheme.plymouthと仮定します。

  • 自作の mytheme.plymouth の中のファイルのパスを “/lib/plymouth” -> “/usr/share/plymouth” に変更
  • update-alternativesで新たにdefault.plymouthを設定
  • $ sudo update-alternatives --install \
    /usr/share/plymouth/themes/default.plymouth 
    default.plymouth \
    /usr/share/plymouth/themes/mytheme/mytheme.plymouth 100
    
  • テーマの変更
  • $ sudo update-alternatives --config default.plymouth
    
  • システムに反映
  • $ sudo update-initramfs -u
    

場所が変更になったことだけ頭においておけば、そこまで悩む必要はなさそうです。

LinuxでUSBメモリをNTFSにフォーマットにするコマンド

先日、USBメモリに4GBを超えるファイルをコピーする必要がありました。
Windowsユーザー、Macユーザーも使うUSBメモリなので、NTFSフォーマットがよいと考えました。MacユーザーもNTFSは標準で読み取りはできますので。

これまで、フォーマットするときにGPartedでやっていました。GUIで簡単ですから。

しかし、今回は、NTFSフォーマットだけでなく、ボリュームラベルも変更する必要がありました。Gpartedでは、これは2段階(NTFSへのフォーマットとラベルの設定)になってしまうので、もっと簡単な方法はないかと思いました。

検索してなかなかすぐに見つけられなかったのですが、以下の方法が簡便とわかったので、紹介します。

  • USBメモリのデバイス名の確認
  • Linuxでは、USBメモリは、/dev/sdc1とか/dev/sdb1などに割り当てられます。どこに割り当てられたかを確認する必要があります。方法として、dmesgを使う方法と、fdisk -lを使う方法があります。

    • dmesg
    • USBメモリをPCにさした時点で、端末に

      $ dmesg
      

      とタイプします。そうすると、以下のようなメッセージが出てきます。

      [ 8939.172114] usb 3-2: New USB device found, idVendor=054c, idProduct=05bb
      [ 8939.172119] usb 3-2: New USB device strings: Mfr=1, Product=2, SerialNumber=3
      [ 8939.172120] usb 3-2: Product: Storage Media
      [ 8939.172122] usb 3-2: Manufacturer: Sony
      [ 8939.172124] usb 3-2: SerialNumber: EBA5A08FFF1748
      [ 8939.712192] usb-storage 3-2:1.0: USB Mass Storage device detected
      [ 8939.712398] scsi3 : usb-storage 3-2:1.0
      [ 8939.714168] usbcore: registered new interface driver usb-storage
      [ 8939.717329] usbcore: registered new interface driver uas
      [ 8940.957656] scsi 3:0:0:0: Direct-Access     Sony     Storage Media    0100 PQ: 0 ANSI: 6
      [ 8940.957872] sd 3:0:0:0: Attached scsi generic sg2 type 0
      [ 8940.958666] sd 3:0:0:0: [sdc] 30507008 512-byte logical blocks: (15.6 GB/14.5 GiB)
      [ 8940.959280] sd 3:0:0:0: [sdc] Write Protect is off
      [ 8940.959282] sd 3:0:0:0: [sdc] Mode Sense: 43 00 00 00
      [ 8940.959779] sd 3:0:0:0: [sdc] Write cache: enabled, read cache: enabled, doesn't support DPO or FUA
      [ 8940.964615]  sdc: sdc1
      [ 8940.966528] sd 3:0:0:0: [sdc] Attached SCSI removable disk
      [ 9741.422259] usb 3-2: USB disconnect, device number 2
      

      ここにUSBとかsdcとか出てきますね。
      これで、/dev/sdcが割り当てられたとわかります。

    • fdisk -l
    • もうひとつの方法はfdiskを用いることです。-lオプションで、デバイスの一覧を表示します。

      $ sudo fdisk -l
      

      とすると、今度は次のように表示されます。

      Disk /dev/sdc: 15.6 GB, 15619588096 bytes
      ヘッド 255, セクタ 63, シリンダ 1898, 合計 30507008 セクタ
      Units = セクタ数 of 1 * 512 = 512 バイト
      セクタサイズ (論理 / 物理): 512 バイト / 512 バイト
      I/O サイズ (最小 / 推奨): 512 バイト / 512 バイト
      ディスク識別子: 0xc3072e18
      
      デバイス ブート      始点        終点     ブロック   Id  システム
      /dev/sdc1              48    30507007    15253480    c  W95 FAT32 (LBA)
      

      この方がわかりやすいですね。いずれにしても、/dev/sdc1がUSBメモリのパーティションだということがわかります。ちなみに、sdc1の1はパーティションの番号で、USBメモリの場合、たいていパーティションは1つなので、sdc1がUSBメモリのパーティションになります。

  • NTFSへのフォーマット
  • ここでは、mkfs -t ntfsというコマンドを使います。そして、ラベルは、-Lというオプションですので、以下のようにタイプします。
    (mkfs.ntfsとmkfs -t ntfsは同義です)

    $ sudo mkfs -t ntfs -L usbdisk /dev/sdc1
    

    そうすると、フォーマットがはじまります。もし、クイックフォーマットにしたい場合は、-Qをつけて、

    $ sudo mkfs -t ntfs -Q -L usbdisk /dev/sdc1
    

    とします。(通常はこちらの方が現実的です)

  • ファイルシステムの確認
  • ふつう、する必要はありませんが、きちんとNTFSに変換されたか知りたい人もいることでしょう。

    その場合は、以下のコマンドをタイプします。

    $ sudo parted -l
    

    そうすると、以下のようなメッセージが表示されます。

    モデル: Sony Storage Media (scsi)
    ディスク /dev/sdc: 15.6GB
    セクタサイズ (論理/物理): 512B/512B
    パーティションテーブル: msdos
    
    番号  開始    終了    サイズ  タイプ   ファイルシステム  フラグ
     1    24.6kB  15.6GB  15.6GB  primary  ntfs              lba
    

    きちんとファイルシステムがntfsになっていることが確認できました。

Lin4Neuroのメジャーアップデート (18 Jan 2016)

時間がかなりかかってしまいましたが、Lin4Neuroのメジャーアップデートを公開しました。
見た目は変わっていませんが、システムは相当変わっています。

  • 今後、Lin4NeuroはUbuntuのmini.isoをベースに、XFCE 4.12を搭載していきます。メモリ使用量は起動時は300MB未満です。
  • これから公開していきますが、Lin4Neuroの作成スクリプトを準備しました。どうやってLin4Neuroが作られているのかを確認できます。

現時点で、以下のパッケージが収載されています。

  • 3D Slicer
  • AFNI
  • DSI Studio
  • FSL
  • ITK-SNAP
  • Mango
  • MRI Convert
  • MRIcroGL
  • MRIcroN
  • Virtual MRI

今後のアップデートで、その他のソフトウェアも収載予定です。

最新版のダウンロードは、 こちらからどうぞ。

Major update of Lin4Neuro (18 Jan 2016)

Though it took such a long time, I’m pleased to announce the release of the update of Lin4Neuro.
It looks the same, but it is quite different.

  • From now on, Lin4Neuro is based on minimal Ubuntu with XFCE 4.12. RAM consumption is less than 300MB when the system is up.
  • I prepared scripts to show how I made Lin4Neuro. You can check what has been done while minimal Ubuntu transform into Lin4Neuro (The scripts are to be released soon).

Right now, following packages are pre-installed.

  • 3D Slicer
  • AFNI
  • DSI Studio
  • FSL
  • ITK-SNAP
  • Mango
  • MRI Convert
  • MRIcroGL
  • MRIcroN
  • Virtual MRI

Other software packages will be added in the next update.

You can download the latest version from here.

Thinkpad X250でUbuntu 14.04を動かすときに、タッチパッドを無効にする方法

私は、今、Thinkpad X250とT430を使っています。Thinkpad T430では、BIOSで、タッチパッドを無効にすれば、そのままタッチパッドが無効になったので、よかったのですが、同じことをX250でやっても効果がありません。

それでいろいろ調べてみました。

結論は、以下の方法が一番早いかと思います。

ターミナルで以下をタイプします。

$ synclient TouchpadOff=1

ただ、これは、一時的なもので、ずっとそうしたくない場合は、自動でこれが動くようにしてあげればいいわけです。

私はXFCE環境なので、XFCEでどうするかを調べました。

2つのファイルを準備する必要があります。

  • disable-touchpad.sh (名前はなんでもいいです)
  • これには、以下の2行だけ記載されています。

    #!/bin/sh
    synclient TouchpadOff=1
    

    これを実行権限をつけた後、パスの通っているディレクトリに保存します。私は、~/binに起きました。

  • disable-touchpad.desktop (これも拡張子が.desktopであれば名前はなんでもいいです)
  • これには、以下の3行だけ記載されています。

    [Desktop Entry]
    Type=Application
    Exec=disable-touchpad.sh
    

    この保存場所が大事なのですが、

    ~/.config/autostart

    に保存します。autostartがなければ自分で作れば大丈夫です。

    これで、ログアウトし、再度ログインすると、めでたく、Touchpadが無効になっています。

ちなみに、検索するとよく出てくる

/usr/share/X11/xorg.conf.d/50-synaptics.conf

の一番最後に、以下を記載

Section "InputClass"
Identifier "no need for accelerometers in X"
MatchProduct "SynPS/2 Synaptics TouchPad"
Option "Ignore" "on"
EndSection

というのは、ひとつ間違えるとシステムが起動しなくなることもあり得るので、注意が必要です。

LinuxホストでVirtualboxを使う際、USBデバイスを利用するためにしなければならないこと

Linux上でVirtualboxを使っている時、USBデバイスが認識されないで困っていました。
ドキュメントを見たら、きちんと書いてありました。

ドキュメントはこちら

2.3.4. The vboxusers group

The Linux installers create the system user group vboxusers during installation. Any system user who is going to use USB devices from VirtualBox guests must be a member of that group. A user can be made a member of the group vboxusers through the GUI user/group management or at the command line with

sudo usermod -a -G vboxusers username

vboxusersというグループにユーザーを登録しないと使えないと書いてあります。

早速やってみました。ユーザーネームがfooだとすると、

$ sudo usermod -a -G vboxusers foo

となるわけです。

そうしたところ問題なく使えるようになりました。

fslmathsでproportional scalingをするワンライナー

Proportional scalingは割り算するだけなので大変ではありません。
スクリプトを書くまでもなく、ワンライナーでいけないかと思いました。
次のような感じでばっちりいけました。

必要なものはファイル名となんらかのglobalが記載されているテキストファイルです。ここでは、id_volume.txtとします。

$ cat id_volume.txt

filename1 1.34
filename2 1.43
filename3 1.36
...
filename4 1.47

それでは、本題です。

$ cat id_volume.txt | while read line; \
do id=`echo $line | awk '{ print $1 }'`; \
icv=`echo $line | awk '{ print $2 }'`; \
echo "ID=${id} and ICV=${icv}"; \
fslmaths ${id} -div ${icv} p${id}; done

これで、ファイル名の前にpがついたファイルができます。

Packages to install to run MITK-2015.05.2 on Ubuntu 14.04

MITK-2015.05.2 depends on Qt5, which makes users to install some additional packages.
With trials and errors, below is what you need to do to run MITK-2015.05.2 on Ubuntu 14.04.

  1. build-essential
  2. You need this to run Qt5

    $ sudo apt-get install build-essential
    
  3. Core of Qt5
  4. $ sudo apt-get install qt5-default qttools5-dev-tools
    

    With this command bunch of software packages will be installed on your system.

  5. Two more libraries…
  6. You need two more libraries to run MITK-2015.05.2

    sudo apt-get install libqt5webkit5 libqt5svg5
    
  7. Set environment variable
  8. As the official site points out, you need to set envirament variable as below (when you use bash). I put this in ~/.bashrc

    export QT_PLUGIN_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/qt5/plugins 
    

Now it works!

Thinkpad X250, X201s, T430s上のUbuntu 14.04に対して、lm-sensorsとthinkfanを用いて熱対策を行う方法

しばらく前から気になっていたのですが、Thinkpad X201sやThinkpad X250にUbuntu 14.04を入れると、妙に熱くなる時がありました。
lm-sensorsをインストールして、温度を見たところ、CPUの温度が77℃に達していました!これは大変と思いました。
調べたところ、”Thinkpad overheating with Ubuntu”といった感じの記事がいろいろ見つかりました。
それらを見てみると、どうもファンの制御がうまくいっていないようです。

そんな中、”Ubuntu 11.10 on ThinkPad X220 でファン制御“という投稿を見つけました。

続きを読む

Linuxでターミナルから日本語名のディレクトリだけを削除したい時の簡単なコマンド

Linuxを使っていると、ターミナルから日本語関連のものを削除するときに、わざわざ日本語入力を可能にしてからというのはめんどくさいですよね。

スマートな方法はと考えました。

下記の方法で、アルファベットおよび数字ではじまらないディレクトリを削除できます。間違って削除するのは心配なので、削除する前に確認のメッセージを出すようにしました。

$ rm -ri [!a-zA-Z0-9]*

Linuxにおいては、シェルでは、[]の中の!は「それ以外」を意味します。
今の場合は、「a-z, A-Z, 0-9ではじまるもの以外」ということになるわけですね。

私の場合、これで、不要な日本語ディレクトリをさらっと消せました。

画像ファイル振り分けスクリプト

画像解析を行っている人ならば、一度は画像の振り分け作業に悩まされたことがあると思います。
私ももれなくその一人で、最近、あるプロジェクトにおいて、画像を分けなければならずしばらく放置していました。

しかし、よく考えてみたら、こういう「めんどくさい」けれども「単純な作業」こそ、コンピューターにさせるべき作業なわけです。

そこで、以下のようなスクリプトを考えてみました。コメントで何をしているか説明します。

#!/bin/sh

#filesorter.sh
#sort files according to the sorting list
#Usage: filesorter.sh sorting_list
#You need to prepare a sorting list beforehand.
#It should be like the following.
# img001  HC
# img002  PT
# img003  HC
# img004  PT
# img005  PT

#引数が指定されているかチェック
if [ $# -ne 1 ]; then
	echo "A sorting file should be specified!"
	echo "Usage: $0 sorting_file"
	echo "Sorting file includes ID and Categorized Group"
	echo "example:"
	echo "img001  HC"
	echo "img002  PT"
	echo "img003  HC"
	echo "img004  PT"
	echo "img005  PT"

	exit 1
fi

#ファイルを読み込み、空白行を削除し、1行ずつ$lineにセット
cat $1 | sed '/^$/d' | while read line
do
    #AWKを使って、第1フィールドを変数idにセット
    #第2フィールドを変数categoryにセット
    id=`echo $line | awk '{ print $1 }'`
    category=`echo $line | awk '{ print $2 }'`
	
    #変数categoryの名前に相当するディレクトリがなければ作成
    if [ ! -e $category ]; then
        mkdir $category
    fi

    #変数idを含むファイルを先ほど作成したディレクトリにコピー
    echo "copy $id to $category"
    cp *${id}* $category
done

興味のある方は、こちらからダウンロードしてください。

Ubuntu 14.04でLibreOfficeを4.xから5.xにアップグレードする方法

この記事は、もともとは、Ubuntu 12.04でLibreOfficeを3.xから4.xにアップグレードする方法に記載していたものですが、Ubuntu 14.04においても同様の方法でいけますので、改めて記載します。

Ubuntu 14.04を利用していると、LibreOfiiceは4.xのままです。
しかし、LibreOfficeは5.xにアップグレードされ、互換性なども以前にまして高まっています。
以下の方法で、簡単にLibreOfficeを4.xから5.xにアップグレードできます。

sudo add-apt-repository ppa:libreoffice/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get dist-upgrade

ここでポイントは、apt-get updateの後にapt-get dist-upgradeを行うことです。

apt-get upgradeとapt-get dist-upgradeの違いは、man apt-getに以下の記載があります。

upgrade
upgrade は、現在システムにインストールされている全パッケージの最新バージョンを、/etc/apt/sources.list に列挙した取得元からインストールするのに使用します。現在インストール中のパッケージに新しいバージョンがあれば更新しますが、いかなる時も現在インストール中のパッケージの削除は行いません。対象のパッケージが、他のパッケージのインストール状態を変更せずに更新できない場合は、現在のバージョンのままとなります。最初に update を実行しておき、apt-get にパッケージの新しいバージョンがあることを知らせる必要があります。

dist-upgrade
dist-upgrade は、upgrade の機能に加え、新バージョンのパッケージに対する依存関係の変更を知的に操作します。apt-get は「洗練された」競合解決システムを持ち、必要とあらば比較的重要でないパッケージを犠牲にして、最重要パッケージの更新を試みます。そのため dist-upgradeは、いくつかのパッケージを削除する可能性があります。/etc/apt/sources.list ファイルには、必要なパッケージファイルを検索する場所のリストが含まれています。

upgradeは全く削除されることなく、dist-upgradeは必要あらばファイルを削除する可能性があるわけですね。今回、LibreOfficeの3.xから4.xへのアップグレードには、いくつかのファイルが削除される必要もあるので、dist-upgradeを利用することとなります。

何はともあれ、この3つのコマンドで、LibreOfficeを安定した最新版にアップグレードできます。

UbuntuでXPSファイルをPDFに変換する方法

Windowsでは、PDFに対抗してXPS形式という形式でファイルを出力することができます。
今はMicrosoft OfficeならばPDFに直接書き出すことができますが、それ以外のソフトウェアでは、WindowsではAdobe Acrobatやその他のPDFに出力することができるソフトウェアを使わないと直接PDF出力ができません。その点、XPS形式ならばどんなソフトウェアからも出力することができます。

出張先で、プリンタがなく、アクセスできるWindowsにPDF出力機能がない場合、XPSをとりあえず出力して、
Ubuntu側でXPSをPDFに変えられるのではないだろうか?と思いました。

そうしましたら、見つけました。その名もxpstopdfというコマンドです。
これは、libgxps-utilsというソフトウェアに入っています。

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