Grubで困った時にまずすること

先日、デュアルブートのマシンでXubuntuのアップデートをした時にGrubがアップデートされ、質問に適当に答えていたら、Grubのエントリーが消えてしまうという事件がありました。

Grubの設定をいろいろするのはめんどくさい、何かいい方法がないかなと探していました。
そうしたら、ありました。めんどくさがりにぴったりなコマンドが。

$ sudo update-grub

これで、システムに入っているOSを探し出し、自動でメニューにエントリーしてくれます。

ということで、Grubで困ったら、焦らず、まずはupdate-grubをタイプしてみてはどうでしょうか。

XubuntuでPlayOnLinux経由でMS Office 2010をインストールし、日本語入力を問題なくする方法

Ubuntuにしてたいていは満足なのですが、職場で利用となると足かせになるのがOfficeの問題です。LibreOfficeでたいていは間に合うのですが、Wordの校閲機能やPowerpointのレイアウトの問題などはいかんともしがたい問題です。これは少しずつストレスになっていきます。

Wine経由でMS Office 2010をインストールできると聞いていましたが、試してみてもエラーが多い状態でした。

その後、調べていたら、PlayOnLinuxを使うとあっさりいけるよという書き込みを複数見ました。やってみたらすんなりできました。

しかし、日本語を入力すると、入力しているのに消えてしまうという問題がありました。これもいろいろ調べて、対処をしてみたのですが、うまく動かず…。
でも、よく考えてみたら、PlayOnLinux経由なのだから、設定ファイルが別なのではないか?と思ったところ、それがあたりでした。

以下に方法をまとめます。

  1. ベースのOS
  2. Xubuntu 12.04です。

  3. MS Officeのバージョン
  4. Office 2010の32bitを準備します。Office 2013は動作しません。また、Office 2010の64bit版も動作しません。

  5. Wineのインストール
  6. PlayOnLinuxはWineのフロントエンドなのでWineが必要です。オフィシャルのWineはバージョンが若干古いので、私は下記でWine-teamのPPAからWineをインストールしました。これでwine 1.6がインストールされます。これを書いている時点での最新版は1.7ですが、1.6で一連の流れに問題はありませんでした。

    sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-wine/ppa
    sudo apt-get update
    sudo apt-get install wine

  7. PlayOnLinuxのインストール
  8. PlayOnLinux(POL)もUbuntuのデフォルト(4.0.14)では、Office 2010のインストールに対応していません。なので、POLのサイトから、最新版(4.2.2)をダウンロードします。
    詳細はhttp://www.playonlinux.com/en/download.htmlに記載してありますが、とりあえず、12.04の場合は下記のとおりです。

    wget -q "http://deb.playonlinux.com/public.gpg" -O- | sudo apt-key add -
    sudo wget http://deb.playonlinux.com/playonlinux_precise.list -O /etc/apt/sources.list.d/playonlinux.list
    sudo apt-get update
    sudo apt-get install playonlinux

  9. PlayOnLinuxの起動
  10. メニューのゲーム→PlayOnLinuxでPlayOnLinuxが起動します。
    そこで、「インストール」をクリックします。

    そうすると、下図のようになりますので、SearchからOffice 2010と入れると候補が出てきますので、選択し、右下の「インストール」をクリックします。

    POL_install01

    その後は私は既にインストールしてしまったので、スクリーンショットは示せませんが、指示された通りに従っていけば、必要なファイルなどを全部ダウンロードしてくれます。なお、インストールする場所は変更するとうまくいかないということですので、とりあえずデフォルトのまま入れてしまうのが無難なようです。

    ひと通り終わると、以下のようになります。

    POL_install02

    これでインストールは完了です。これまでの苦労は何だったんだろうと思うぐらい簡単でした。

  11. 日本語入力の設定
  12. しかし、このままだと、日本語入力の問題があります。様々なサイトが、

    ~/.wine/user.regに

    [Software\\Wine\\X11 Driver]
    “Inputstyle”=”offthespot”

    のように記載しなさい

    と書いてあります。しかし、POLを使用した場合は、それではうまくいきません。

    Officeの日本語設定は、ホームディレクトリの下の以下の場所にあります。

    ~/.PlayOnLinux/wineprefix/Office2010/user.reg

    したがって、適当なエディタでこのファイルを開けます。今はLeafpadにしましょう。(なんでもいいですが)

    leafpad ~/.PlayOnLinux/wineprefix/Office2010/user.reg

    そして、このファイルの一番下に以下の記述を追加します。

    [Software\\Wine\\X11 Driver]
    "InputStyle"="root"

    (環境によってはバックスラッシュは¥に見えると思います)

    その後、その後、POLを再起動すると、ファイルの設定を読み込み直します。

    これで日本語をうつと、インライン変換まではいかないのですが、日本語変換が画面の左下の方にあらわれ、確定した文字がきちんと表示されます。

これでさらによい環境ができあがりました。

Make battery-life of Ubuntu 12.04 longer on ThinkPad T430s

It’s been months since I swithed completely to Xubuntu 12.04 from MS Windows on my ThinkPad T430s. Basically I’m satisfied with Xubuntu 12.04, but there are some points which need tweaks. They are…

  • Battery Life
  • Somehow battery on ThinkPad T430s lasts only around 2hours on Xubuntu, which is much shorter than Windows.

  • Projector
  • XFCE is not so good at dealing with projectors or external monitors. I’m still struggling with this matter, so I don’t make any comments now.

As of battery life, I found a very good tool, which is TLP.

By installing TLP, the battery life gets longer by one hour without any modification, which is great.

You can find how to install TLP here.

Thinkpad T430sでUbuntu 12.04ファミリーがフリーズする時

Thinkpad T430sにXubuntu 12.04を入れました。インストール自体は何の問題もなかったのですが、入れてから1日の間に10回以上システムがフリーズしました。マウスもキーボードも何の操作も受け付けなくなってしまうのです。

これでは、信頼できないマシンになってしまいます…。

いろいろ調べたところ、カーネルを3.4にアップデートしたところ、問題が解決したという記事をみつけました。

実際にやってみました。

  1. http://kernel.ubuntu.com/~kernel-ppa/mainline/v3.4-precise/にアクセスします。
  2. 64bitの場合ここから3つのファイルをダウンロードします。
    • linux-headers-3.4.0-030400-generic_3.4.0-030400.201205210521_amd64.deb
    • linux-headers-3.4.0-030400_3.4.0-030400.201205210521_all.deb
    • linux-image-3.4.0-030400-generic_3.4.0-030400.201205210521_amd64.deb

    つまり、後ろにamd64.debとあるものとall.debとあるものです。32bitの場合でしたらi386.debとall.debになります。

  3. ダウンロードしたあとで、次のコマンドでカーネルをインストールします。

    sudo dpkg -i linux-*

  4. カーネルがインストールされたあと、古いカーネルを削除します。そのためには、apt-get autoremoveがよいと思います。
    sudo apt-get update
    sudo apt-get upgrade
    sudo apt-get autoremove
  5. マシンを再起動します。
  6. ターミナルを立ち上げ、次のようにタイプします。

    uname -r

    これで3.4.0-030400-genericと表示されれば新しいカーネルになったことを確認できます。

こうしたところ、私のThinkpad T430sは全くフリーズしなくなりました。カーネルの問題だったということですね。これで安心して解析ができます。

Ubuntuのキーボードセッティング

Ubuntuではキーボードのレイアウトを簡単に変えることはできますが、「システムデフォルト」はコマンドラインでしか変えられないようです。

keyboard

変えたい時は以下をタイプすれば大丈夫です。

$ sudo dpkg-reconfigure keyboard-configuration

ちなみに、私はThinkapd 430sの英語キーボードを使っているので、Generic 101に変更しました。

TeX Live 2012 on Ubuntu 12.04

Windows 8.1を試しに使ってみたら、あまりにも不適応を起こしたので、この際、思い切ってメイン環境をLinuxに切り替えることにしました。

OSはXubuntu 12.04ベースのLin4Neuroです。自分が使いやすいようにカスタマイズしているので、一番自分にぴったりあっています。
Latexに関しては、TeX Live 2012を入れたいと思っていたのですが、検索したら、こちらのサイトに非常にわかりやすく解説されていました。やるべきことは下記のとおりです。

$ sudo apt-add-repository ppa:texlive-backports/ppa
$ sudo apt-get update; sudo apt-get upgrade; sudo apt-get install texlive-lang-cjk

こんなに簡単にできるのは感動ものです。

Neurodebianのミラーサイト

このブログでも今までに紹介し、そしてLin4Neuroでも採用させていただいてきたNeurodebianですが、開発者のYarsolav Halchenkoといろいろやりとりした結果、日本でミラーサイトを立ち上げました。最近はファイルサイズの大きなものもありますので、日本からの場合、このミラーサイトを使っていただいたら、ダウンロード時間を短縮できる可能性があります。

方法を簡単に説明します。

まず、http://neuro.debian.netにいきます。

トップページにある、”How to use this repository”を見ます。

そこに、下図にあるような感じでDebianかUbuntuのリリースとダウンロードサイトを選ぶドロップダウンメニューが出てきます。

そこに出てくる2行を端末にコピペします。Ubuntu 12.04の場合は以下の2行になります。

wget -O- http://neuro.debian.net/lists/precise.jp | sudo tee etc/apt/sources.list.d/neurodebian.sources.list
sudo apt-key adv --recv-keys --keyserver pgp.mit.edu 2649A5A9

その後、apt-get updateと、apt-get upgradeを行い、さらにapt-get installで必要なソフトをインストールします。

それだけで設定はおしまいです。便利ですよね。

いろいろな画像解析関連ソフトが簡単にいれられますので、どうぞ利用してみてください。
日本語版Lin4Neuroでもこの日本のミラーサイトがデフォルトになっています。

How to install FSL on Ubuntu (up to 5.0.9)

N.B.: This is the old post. If you want to install the latest FSL (5.0.10 and later), you need to use fslinstaller.py.

If you use Debian or Ubuntu, you can install FSL easily using neurodebian repository.
Below is what you need to install FSL.

  1. Add the neurodebian repository
  2. Follow the guideline described here.

  3. update the sources.list
  4.         $ sudo apt-get update
            
  5. install FSL (and related packages)
  6.         $ sudo apt-get install fsl fsl-doc fslview fslview-doc fsl-atlases fsl-possum-data fsl-first-data fsl-feeds dicomnifti libvtk5-dev vtk-examples vtk-doc
            
  7. Add the following line to .bashrc
  8. This is the thing people often forget. Without this, you can’t run fsl from shell.

             . /etc/fsl/fsl.sh
             

    That’s it.

Installing R and JGR on Ubuntu Lucid Lynx

The other day I wanted to install R on Ubuntu. Googling led me to this site, but I found some of them are not up-to-date. In addition, I don’t use Sun-Java but open-JDK. So I needed to change things a little bit.

Below is what I did. Note that I already installed openJDK.

  1. Add an R repository to /etc/apt/sources.list
  2. First, you need to decide a CRAN mirror close to where you live. The list can be found here. Since I live in Tsukuba Japan, I added the following line to /etc/apt/sources.list

    deb http://cran.md.tsukuba.ac.jp/bin/linux/ubuntu lucid/

    Below is the format.

    deb http://my.favorite.cran.mirror/bin/linux/ubuntu lucid/

  3. Obtain the public key of Ubuntu repository
  4. The Ubuntu archives on CRAN are signed with the key of “Michael Rutter
    ” with key ID E084DAB9. You can fetch this key then feed it to apt-key with the following lines.

    $ gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
    $ gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -

  5. Update the respository
  6. $ sudo apt-get update

  7. Install r-base
  8. sudo apt-get install r-base r-base-dev

  9. Upgrade the repository
  10. By upgrading the repository, r-cran-* will be installed.

    $ sudo apt-get upgrade

    The following should be displayed.

    Reading package lists… Done
    Building dependency tree
    Reading state information… Done
    The following packages will be upgraded:
    r-base-html r-cran-boot r-cran-class r-cran-cluster r-cran-codetools
    r-cran-foreign r-cran-kernsmooth r-cran-lattice r-cran-mass r-cran-matrix
    r-cran-mgcv r-cran-nlme r-cran-nnet r-cran-rpart r-cran-spatial
    r-cran-survival r-doc-html
    17 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.
    Need to get 12.2MB of archives.
    After this operation, 827kB disk space will be freed.
    Do you want to continue [Y/n]?

  11. Set java configuration
  12. $ sudo R CMD javareconf

  13. Start R environment
  14. $ sudo R

  15. Install JGR inside R environment
  16. install.packages('JGR')

    A GUI will popup asking you to select a mirror to download from. Select the same mirror as before, though it doesn’t matter.

    After installation is completed. Add the library and install the ggplot2 library.

    library(JGR)
    install.packages('ggplot2', dep = TRUE)

    This will take some time.

    After that, you can start JGR by typing

    JGR()

    This will bring up JGR.

    But this is not the end. Please look at the shell carefully, which says,

    Starting JGR run script. This can be done from the shell as well, just run
    /usr/local/lib/R/site-library/JGR/scripts/run

    That means that you don’t have to run R first before running JGR.

    Now I will make a launcher of JGR.

    Right-click of GNOME menu –> “Edit Menu”

    That will pop up Main Menu Dialogue.

    In this case, I want to put the JGR launcher under Science, so click “New Item”

    Then you will see JRG in the menu. Note that I got the made the icon of JGR from the JGR site. I also customized the user interface. The screenshot is the from Lin4Neuro.

UbuntuのカスタマイズLiveCD/DVDにおいて、日本語ディレクトリ名への変更ダイアログを抑制させる方法

Lin4Neuro日本語版の開発において、英語版を元に、日本語版を開発し、Remastersysでリマスタリングを行うと、USBブートの際に下図のダイアログが出てしまう現象に遭遇しました。

この現象をどう解決するかどうか皆目検討がつかなかったので、Ubuntuのメーリングリストに聞いたところ、親切に2つ方法を教えて頂きました。

  1. user-dirs.localeのチェック
  2. 以下、メーリングリストへの投稿からの抜粋です。
    吉田様からアドバイスをいただきました。

    この表示の有無は ~/.config/user-dirs.locale が「存在するかどうか」と、
    「中身が現在のロケールと一致するかどうか」で判定されています。
    (see also: apt-get source xdg-user-dirs-gtkで取得できるupdate.c)
    動作は以下です。
     ・そもそも存在しなければそのまま。
     ・中身が現在のロケールと一致しなければ、アップデートを試みる。
     ・中身が現在のロケールと一致すればそのまま。
    英語表示にすると、このファイルの中身は「C」とだけ書かれたファイルになるので、
    日本語環境で起動すると次のような動作になります。
     1) user-dirs.localeの中身をチェック。
     2) user-dirs.localeの中身が「C」なので、現在のロケール(ja_JP)と違うので、
      アップデートダイアログを表示。
    ここで期待の挙動にするには、次の二つの方法があります。
     ・中身として「ja_JP」とだけ書いたものを置く(現在のロケールと同じなので
      問題のダイアログの表示が抑制される)
      # 改行を含めず、単に「ja_JP」と書いた5バイトのファイルを置く。
     ・そもそも削除する(「Don’t ask me this again」した状態と同じ)
    ホームディレクトリをどのように構成されているのかにもよるのですが、
    まず /etc/skel に .config/user-dirs.locale がないか見てみて、存在するなら
    (存在する場合の期待は中身「C」なので)中身「ja_JP」にする、というのが
    手早いような気がします。

    実際、user-dires.localeを見ると、en_USとなっていたので、これをja_JPにしたところ、問題はあっさり解決しました。

  3. 自動起動するアプリの設定
  4. これもMLの投稿からの引用です。
    西山様からアドバイスをいただきました。

    まず「設定」の中の「自動起動するアプリ」で
    「ユーザ・フォルダの更新」のチェックを外せば
    そのユーザでは出てこなくなります。
    その設定は
    ~/.config/autostart/user-dirs-update-gtk.desktop
    に残っていて、このファイルを
    /etc/xdg/autostart/user-dirs-update-gtk.desktop
    にコピーすればシステム全体で無効にできます。
    違いは
    X-GNOME-Autostart-enabled=false
    だけのようなので、直接
    /etc/xdg/autostart/user-dirs-update-gtk.desktop
    に書き加えても良いと思います。

誰かの役にたつかもしれないので投稿しておきます。

Ubuntu 10.04 (Lucid) 以降でsplash画面をカスタマイズしたいとき… (plymouthの使い方)

Ubuntu 10.04になってからsplash画面を制御するのがplymouthというものになったようです。
これを用いてsplash画面をカスタマイズするのに難渋したので備忘メモ。
kubuntuのsplash画面がカスタマイズするのにいい勉強になったので、kubuntu-logoというテーマをもとにカスタマイズしています。
*なお、この方法は、12.04でも有効でしたので、タイトルを修正しました。

  1. *.script, *.pngなどが入っているテーマを見つけます。
  2. といってもそれはすぐにはわからないので、とりあえず、apt-cache searchでテーマを見つけます。

    $ sudo apt-cache search theme

  3. 適当にテーマをインストールしてみます。
  4. 上述のように、カスタマイズしやすかったのが、kubuntuのテーマでした。

    $ sudo apt-get install plymouth-theme-kubuntu-logo

  5. テーマは/lib/plymouth/themeの中にインストールされます。なので、そこに移動します。
  6. $ cd /lib/plymouth/themes/kubuntu-logo

    テーマの中身は以下のようになっています。

    $ ls
    kubuntu-logo.plymouth password_field.png progress_dot_on.png
    kubuntu-logo.script password_field16.png progress_dot_on16.png
    kubuntu_logo.png progress_dot_off.png kubuntu_logo16.png
    progress_dot_off16.png

    ここで、
    kubuntu-logo.script: これをカスタマイズしていきます。
    kubuntu-logo.png: splash画面での真ん中に現れる”kubuntu”のロゴ画像です。
    progress_dot_*.png: 起動時にロゴの下で点滅するドットの画像です。
    ここでは、scriptをいじって背景の色を変えてみて、そしてlogoの画像を変更し、dotの画像の色を変えることでカスタマイズすることとしました。

  7. scriptの中身をいじります。背景の色は以下をいじります。
  8. ( )内にある3つの数値はそれぞれRGBを表し、0と1の間の数値を指定するのだそうです。TopColorは画面の一番上で、BottomColorは画面の一番下で、上から下に向かってグラデーションがかかっていくことになります。

    Window.SetBackgroundTopColor (0.00, 0.28, 0.45);
    Window.SetBackgroundBottomColor (0.00, 0.28, 0.45);

  9. splash画面に表示させたい画像は以下で指定します。
  10. 従って、自分で画像を用意して、下のファイル名を変更すればいいことになります。

    logo_filename = "kubuntu_logo.png";

  11. 起動時に点滅するドットは以下で規定されています。これも元画像をもとに、色を変えればいいことになりますね。
  12. progress_dot_off_filename = "progress_dot_off.png";
    progress_dot_on_filename = "progress_dot_on.png";

  13. プレビュー
  14. 以上のところをいじってあげたら、プレビューします。プレビューには、以下の方法がいいかと思います。

    $ sudo plymouthd #plymouthのデーモンを立ち上げます。
    $ sudo plymouth --show-splash

    ちなみに終わるときは、sudo plymouth –quitです。

  15. 変更を反映させる(ここがキモ)
  16. Splashの変更を反映させます。ここは忘れがちなのであえて書いておきます。initramfsなるものをアップデートする必要があります。

    $ sudo update-initramfs -u

    これで、次回からsplash画面が変更されます。

    上記だけでは、テーマを変えたときに他に変わってしまいます。
    自分のものとしてきちんとインストール方法は以下にあります。

    https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?pid=77654

    23/July/2012追記: 上記のリンクはよく参照するので、以下に転載します。

    plymouthのテーマは1から作るのは大変なので、既存のテーマを変更する方法がいいです。
    まず、ベースにするテーマをインストールします。全画面自作画像が良ければplymouth-theme-sabilyパッケージがおすすめです。(以下このパッケージを元に説明します)

    $ sudo apt-get install plymouth-theme-sabily

    インストールしたテーマは/lib/plymouth/themes/sabily内にあります。このフォルダをコピーして、コピー先を編集するようにします。

    $ sudo cp -R /lib/plymouth/themes/sabily /lib/plymouth/themes/mytheme
    $ gksu nautilus /lib/plymouth/themes/mytheme

    bg_2560x1600.png: 背景画像(PNGでなければなりません。GIMPなどで変換してください。サイズがあまり大きくならないようにしましょう。)
    sabily-logo.png: 中央に表示されるロゴ。この下に点滅する点が表示されます。
    sabily.plymouth: 名前をmytheme.plymouthなど、分かりやすいように変えておきます。
    (画像など、他のファイルの名前も変えていいですが、その場合はsabily.scriptやsabily.plymouthの中身も編集する必要があります。)

    一通り編集したら、次のコマンドにより自作テーマをインストールします。

    $ sudo update-alternatives --install /lib/plymouth/themes/default.plymouth default.plymouth /lib/plymouth/themes/mytheme/mytheme.plymouth 100

    この段階ではインストールされただけで、テーマの変更は行われていません。表示されるテーマの変更は次のコマンドにより行います。

    $ sudo update-alternatives --config default.plymouth
    番号の入力を求められるので、自作テーマのファイル名が書かれた行の先頭にある番号を入力し、Enterキーを押してください。

    これで完了です。
    以下の方法により再起動せずにテーマの確認を行えます。
    まず、plymouth-x11をインストールします。

    $ sudo apt-get install plymouth-x11

    plymouthデーモンの起動、表示、終了は以下のとおりです。

    $ sudo plymouthd
    $ sudo plymouth show-splash
    $ sudo plymouth quit

Installing N3 (mni-n3) on Ubuntu 10.04 (Lucid Lynx) 64bit

Note: This article is pretty old. Now you can install MINC toolkit more easily. Please see the instruction in http://www.bic.mni.mcgill.ca/ServicesSoftware/ServicesSoftwareMincToolKit. (24 Oct 2014)

We have few resources how to install N3 on Ubuntu. I could successfully install N3 (aka mni-n3) on Ubuntu 10.04. I write down what I did.

NB: This is only for 64bit Ubuntu 10.04. They don’t maintain 32bit binary for minc.
The following commands must be executed with root privileges (use sudo) except for the last one.

  1. Add the repository for minc-related software to your /etc/apt/sources.list.
  2. You can do this by adding the following line to the /etc/apt/sources.list.

    #MINC software
    deb http://packages.bic.mni.mcgill.ca/ubuntu-lucid/ ./

    Note: You have to include “./” at the end of the line.

  3. Refresh repository
  4. $ sudo apt-get update

  5. Install N3
  6. Through many trials and errors, I found out that we have to specify the following 4 packages; minc, minc-tools, n3, and libmni-perllib-perl to have n3 work properly. Of course you can install other packages such as mni-autoreg, register, display, or mincblob. (However, I haven’t fully tested about these packages.)

    $ sudo apt-get install libmni-perllib-perl minc minc-tools n3

    Note: Ignore the Warning: “The following packages cannot be authenticated!” and press Y when asked: “Install these packages without verification [y/N]?”

  7. Configure the path
  8. Add the phrase “export PATH=/usr/local/bic/bin:$PATH” in your .bashrc file (located in your home directory). You don’t have to be root doing this.

Now you are ready to use N3 on your Ubuntu 10.04!