Ubuntu14.04以降へのFreeSurfer 6.0のインストール

2014年12月にFreeSurfer 5.3のインストールの方法を記載しましたが、しばらく時間が経ちました。最近、FreeSurfer 6.0がリリースされましたので、コピペでもいけるぐらいにまとめてみます。

英語でのFreesurferをLinuxにインストールするときの具体的な方法は、
こちらに書いてあります。以下は英語を読むのがつらい方のためです。

なお、楽をしたい人は、一番最後にある【楽をするためのスクリプト】をご覧ください。

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FreeSurfer v6.0 勉強会を開催します (2017年12月2日)

※2017年9月15日0:00現在、50名を超える申し込みがありましたので、申し込みは終了いたしました。

これまでVBMチュートリアルを行なってきていますが、受講者のアンケートで、「FreeSurferの勉強をしたい」という意見が一定程度ありました。

構造画像解析において、FreeSurferは通らなければいけないところかと思います。

しかし、日本語でのチュートリアルは過去に2011年に慶應大学の先生方が講習会を開かれていらっしゃいますが、その後、開かれていません。

一定のニーズがあると思いますので、岩手医科大学の山下典生先生の協力を得て、FreeSurferの勉強会を企画しました。

この企画はあくまでも個人的なものであり、研究費の支援などはなく、有料会議室を借りてもいますので、有料講習会とさせていただきます。(その分の学びがあるように準備します!)

これまでに開催してきたチュートリアルのように、ご自身のパソコンを持ち込んでいただき、FreeSurferにじっくり触れていただきます。

想定している対象者は、FreeSurferの経験がまだ少ない方です。全く経験がない方もOKです。また、recon-allはやったことがあるけれども、マニュアル修正をやったことがない方はとてもいい経験になると思います。これらの経験がある中級者以上の方には物足りないかと思います。

もちろん、事前サポートもさせていただきます。FreeSurferだけでなく、他にも必要なソフトなどもありますので、前もって万全な体制を整えて勉強会に臨めるようにサポートさせていただきます。それだけでも、今後の研究をする準備になるかと思います。

日程及び場所は以下になります。

  • 日程:2017年12月2日 10:00-18:00
  • 場所:NATULUCK五反田東口駅前店会議室
  •    五反田駅東口徒歩2分
       東京都品川区東五反田5-27-10 第1野村ビル 5階
       Googleマップはこちら

  • 講師
  • 根本清貴(筑波大学医学医療系精神医学)
    山下典生(岩手医科大学医歯薬総合研究所超高磁場MRI診断・病態研究部門)

  • セミナー内容(予定)
  • ・個人解析(recon-all)の方法、及び多数例解析のための工夫
    ・個人解析結果の見方、様々な出力ファイルの意義
    ・個人解析結果のマニュアル修正
    ・GUIを用いた基本的なグループ解析

  • 定員:40名程度(先着順)
  • 参加費:1万円
  • 申し込み方法
  • 定員に達したため、締め切りました。

FreeSurfer前処理結果のQuality Check

FreeSurferのrecon-allで前処理を行った後、Quality Checkを行うことはとても大事です。

広島大の北村先生と一緒に、やり方を確認しました。北村先生がまとめてくださいましたので、その方法を以下に記します。

原典はFreeSurferのホームページを参考にしています。
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/OutputData_freeview

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FreeSurferをインストールした後の第一歩

FreeSurferをインストールした後、自分のデータを用いてどうしたらいいか困る人が多くいます。

まず、1例を試してみるといいと思います。

以下のようにされてはいかがでしょうか。

  1. ターミナルを開きます。
  2. 画像があるディレクトリに移動します。
  3. たとえば、画像が、/Users/foo/img_dataにあるとすれば、

    $ cd /Users/foo/img_data/
    

    となります。

  4. 画像の被験者IDを決めます
  5. FreeSurferでは実はこれが大事です。ここをきちんとしていないと、話が次に進みません。

  6. 以下の書式でコマンドをうちます。
  7. $ recon-all -s 【被験者ID】 -i 【NIFTI画像ファイル】 -all
    

    今、被検者IDがHC001、NIFTI画像がV_HC001.niiだとすると、

    $ recon-all -s HC001 -i V_HC001.nii -all
    

    となります。

これでしばらく待ちます。私の最近のPCでは、9時間程度で1例の処理が終わります。

スクリプト化してみましょう。画像のファイル名(拡張子抜き)をIDとして扱うことにします。

#!/bin/sh

if [ $# -lt 1 ]
then
        echo "Please specify image files!"
        echo "Usage: $0 imagefiles"
        echo "Wild card can be used."
        exit 1
fi

for f in "$@"
do
        subjid=`imglob $f`
        recon-all -i $f -s $subjid -all
done

という感じになりますね。

出力ファイルは、$SUBJECTS_DIRに出力されます。
私の場合、
$SUBJECTS_DIRはホームディレクトリの下のfreesurfer/subjectsにしてあります。
この設定の仕方は、こちらをご覧ください。

どこにあるかすぐにわからなかったら、以下をしたらいいと思います。

$ cd $SUBJECTS_DIR

ここに先ほど入力したIDがあります。その中にいろいろ入っています。

$SUBJECTS_DIRはHDDの容量をくいますので、十分なスペースを確保しないと容量不足に陥りますのでご注意ください。

Ubuntu 14.04 へのFreeSurferのインストール

以前、FreeSurferのインストールの方法を記載しましたが、しばらく時間が経ちました。最近、改めてFreeSurferをインストールする機会がありましたので、改めてまとめてみます。2014年12月現在、FreeSurferのバージョンは、5.3.0です。コピペでもいけるぐらいにまとめてみます。

英語でのFreesurferをLinuxにインストールするときの具体的な方法は、
http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/LinuxInstall
に書いてあります。以下は英語を読むのがつらい方のためです。

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Freesurferのインストール Step by Step

注意:このポストは古いものです。より、新しいガイドは下記から見れます。
以下をご参照ください。

http://www.nemotos.net/?p=1012

以前、Freesurferのインストールを手伝ったことがあったのですが、そのときの文章が出てきたので、以下に記載しておきます。
ちなみに英語でのFreesurferをLinuxにインストールするときの具体的な方法は、
http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/LinuxInstall
に書いてあります。以下は英語を読むのがつらい方のためとでもとっておいてください。

まず、ルートになります。

その後、ダウンロードしてきたファイルを/usr/localにうつします。
安全のためにコピーすることにしましょうか。
落としてきたディレクトリから、以下のコマンドをうってください。

# cp freesurfer-Linux-xxxxx-full.tar.gz /usr/local

となりますね。xxxxは落としてきたバージョンによって変わります。まぁ、基本的に
補完機能を使って、freeまでタイプして後はTabを押せば終わりですけどね。
そしたら、次に/usr/localに移ります。

# cd /usr/local/

そこで、ファイルを解凍します。

# tar -xvf freesurfer-Linux-xxxxx-full.tar.gz

これで、ディレクトリ構造を保ったまま解凍してくれます。
この後、FREESURFER_HOMEは、常に/usr/local/freesurfer
となります。
その後、ライセンスファイルを作成する必要があります。
ダウンロードする前にRegistrationをしますが、登録時のメールアドレスにメールが送られてきます。
その内容をコピーします。
Freesurferのホームディレクトリに移動します。
(とりあえず絶対パスを書いておきます。)

# cd /usr/local/freesurfer

GNOME環境で、初心者ならば、geditなんてエディタがとっかかりやすいかもしれません。

# gedit .license

そうすると、GUI環境でのエディタが立上りますので、そこにメールの内容をコピーして保存します。
これでライセンスファイルが作成されます。
ここまでできたらルートを抜けてください。

# exit

その後、ホームディレクトリに戻ってください。

$ cd

linuxはcd
とだけ打つと勝手にホームに戻ってきてくれます。僕はこれが好きですね。
その後、今度はシェルが立ち上がったときに常にfreesurferが動く設定にします。
今のLinuxのベースのシェルはたいていbashだと思います。freesurferのページにはtcshがいいと書いてありますが、別にbashで問題ないと思いますし、現に私はbashで使用しています。
エディタで.bashrcを立ち上げます。

$ gedit .bashrc

このファイルの文末に以下の2行をコピペしてください。

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

そして保存してください。
これでfreesurferのインストールは終わりです。
で、実際に動くかどうかのテストですが、
シェルを立ち上げていただくと、私の場合、以下のようなメッセージが出てきます。(私のは64bit環境です)

——– freesurfer-Linux-centos4_x86_64-stable-pub-v4.5.0 ——–
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer
FSFAST_HOME /usr/local/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii
SUBJECTS_DIR /usr/local/freesurfer/subjects
MNI_DIR /usr/local/freesurfer/mni
hogehoge@hogehoge:~>

こんな感じでしょうか。