WindowsでのMRIcronのインストール方法

dcm2niiを使う為には、まずMRIcronをインストール必要があります。

MRIcronは、http://people.cas.sc.edu/rorden/mricron/index.htmlよりダウンロードします。

トップページ上に表示されている[Installation]をクリックして下さい。

すると、MRIcronで使用できるOS (Windows、Linux、Macの3種類で使用できます)の説明が出てきます。ご自分の作業環境にあったOSを選択し、ファイルをダウンロードして下さい。ここでは、Windowsを使用すると仮定して、説明を進めていきたいと思います。

Windowsでは、下図のように[file.win.zip]をクリックします。

ダウンロードするファイルの一覧が掲載されたページに移動しますので、ここからダウンロードを開始して下さい。

dcm2niiを使用する為には、[MRIcron/NPM/dcm2nii 2MAY2016]は必要になります。下図のように、[MRIcron/NPM/dcm2nii 2MAY2016]の横には、それぞれのOSで使用できるファイルが置いてありますので、必要なファイルにチェックを入れて、ファイル名をクリックします。

ファイルをダウンロードするにあたっての規約が表示されますので、[I Agree]をクリックします。

[ファイルを保存する]にチェックを入れて、[OK]をクリックします。

すると、下図のようにダウンロードが完了します。

ファイルが圧縮されていますので、解凍してください。Windows10では[圧縮フォルダツール]の[展開]タブ→[すべて展開]をクリックします。

すると、下図のようにファイルが解凍されます。

Ubuntu 18.04 mini.iso から構築するLin4Neuro 18.04版

現在、Lin4Neuro 18.04版を開発しており、仮想マシン版は公開できているのですが、iso版はまだ公開できていません。
リマスタリングに苦労しております。

もし、WorkstationにLin4Neuroを構築したい場合、Ubuntuから公開されている mini.iso を利用することで、
(比較的容易に)構築することができます。

以下、方法を示します。なお、スクリーンショットはVirtualBoxを用いて作成したものです。
仮想マシンで試されてから実機に応用していただけたらと思います。
なお、実機の場合、ネットワークは最初は無線LANは自動で認識しませんので、有線LANでネットワークに接続してください。

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dcm2niiを用いてDICOM形式をNIFTI形式へ変換する方法

しばらく前ですが、dcm2niiを用いてDICOM形式をNIFTI形式に変換する方法についてドキュメントを作成しました。ブログ形式で改めて公開します。

サンプルのDICOM画像として、1例分準備しました。こちらのDICOM画像で説明していますので、理解を深めたい方はこちら(T1.zip)からダウンロードして試してみてください。

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VirtualBoxへのLin4neuroのインストール -Mac編-

現在、Lin4NeuroはVirtualBox上で動作する仮想マシンを配布するようになりました。Macで仮想マシンをどう使うか以下に記します。

  1. Macのバージョン確認
  2. MacでVirtualBoxを動作させるには、MacOS10.8(Mountain Lion)以降である必要があります。バージョンが古い方は、まずOSのアップグレードを行ってください。

    注意点としては、MacOS 10.13(High Sierra)からセキュリティがこれまで以上に厳しくなりました。本ガイドでは、OS10.13で検証しています。セキュリティに気をつけるところは説明していますが、OS10.12(Sierra)以前では表示されない画面もありますので、ご了承ください。

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Lin4Neuroのイメージファイル(isoファイル)を用いてVirtualBoxにインストールする方法

Lin4Neuro (L4N)は、isoイメージファイルおよびVirtualBoxの仮想アプライアンスを配布しています。
ここでは、isoイメージファイルを用いてVirtualBoxにL4Nをインストールする方法を解説します。

この方法は若干だけ手間がかかりますが、以下のメリットがあります。

  • ハードディスクの容量を自分で設定できる
  • これが一番大きいメリットかと思われます。

  • ログイン名などを自分の好みにあわせられる
  • ご自身で設定できます。

具体的な方法を以下に示します。Acknowledgmentとして、我々の研究室の山田典子さんが以下を準備してくださいました。
VirtualBoxのインストールまでは済んでいるものとして話をすすめます。なお、この方法では、VirtualBox Extension Packは不要です。

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